Nouveau consortium d’expertise scientifique (CES) d’ODATIS
Le pôle Océan ODATIS intègre un nouveau Consortium d’Expertise Scientifique « Cytométrie en Flux », technique pour caractériser les populations de phytoplancton et bactérioplancton.
Les Consortiums d’Expertise Scientifique (CES) sont des regroupements d’acteurs publics ou privés menant des travaux de recherche ou développant des méthodes innovantes de mobilisation des données d’observation, et capables d’assurer la réalisation de prototype de produits à valeur ajoutée, ou l’opération de ces prototypes pour produire des données spécifiques sur des problématiques Océan (littorales, côtières ou hauturières), autour de champs thématiques (processus physiques, chimiques et biologiques, écosystèmes, échanges océan/atmosphère, approches globales, exploitation raisonnée des ressources, …) pour répondre aux défis sociétaux et environnementaux de notre époque.
La Cytométrie en Flux appliquée aux eaux marines, saumâtres et dulçaquicoles, permet de caractériser les populations de phytoplancton et bactérioplancton en termes de classification de groupes fonctionnels et d’abondances. Ces populations de micro-organismes représentent un chainon essentiel du réseau trophique, de la production d’oxygène et du cycle du carbone et des éléments biogènes associés. Ils sont aujourd’hui fortement impactés par le changement global induit par les activités anthropiques.
Ce CES, piloté par Gérald GREGORI (MIO, PRECYM), est organisé en 3 groupes de travail et associe plusieurs scientifiques du CNRS, IFREMER et de l’université de la Côte d’Opale:
- WP Vocabulaire : animé par Melilotus Thyssen (MIO, CNRS) et David Pecqueur (OOB, CNRS),
- WP Chaîne de traitement des données de cytométrie : animé par Maurice Libes (O.S.U Pytheas, CNRS) et Marc Sourisseau (IFREMER),
- WP Bonnes pratiques : animé par Felipe Artigas (LOG, ULCO), Christophe Lambert (LEMAR, CNRS)
Le CES aura aussi en charge d’identifier et promouvoir ces protocoles en réalisant une veille technologique grâce à des échanges d’informations avec la communauté. Il pourra également identifier les verrous ainsi que les outils susceptibles d’améliorer la procédure de génération ou de visualisation de ces données, et leur archivage sur des bases de données interopérables.
Leur première étape sera tout d’abord de réunir et fédérer les acteurs qui produisent et utilisent cette technique, pour définir, diffuser et appliquer des protocoles standardisés de calibrage des instruments (cytomètres) et d’analyse de données qualifiées. Le pôle Océan ODATIS apportera également son soutien au CES pour aider à appliquer les principes FAIR et harmoniser les chaînes de traitement.