Formule chimique du SYBR Green I
Le SYBR GReen I est aujourd’hui très couramment utilisé pour dénombrer les micro-organismes unicellulaires, procayotes et eucaryotes dans les milieux aquatiques ou en cultures. Le fabricant ne donne que peu d’informations sur ce produit, heureusement Wikipedia est là pour nous aider http://fr.wikipedia.org/wiki/SYBR_G….
Le SYBR green I (Molecular Probes, Oregon, USA) ou [2-[N-(3-dimethylaminopropyl)-N-propylamino]-4-[2,3-dihydro-3-methyl-
(benzo-1,3-thiazol-2-yl)-methylidene]-1-phenyl-quinolinium] (C32H37N4S) est un fluorochrome qui se fixe sur tous les types d’acides nucléiques, avec une préférence pour les double brins.
Les membranes plasmiques sont perméables au SYBR Green I ce qui permet de l’utiliser sur des cellules viables. Comme il ne possède qu’une faible fluorescence intrinsèque, il n’est pas nécessaire de laver l’échantillon après ajout de la sonde pour éliminer les molécules de colorant libres en solution, et supprimer la fluorescence parasite (comme dans le cas de la Rhodamine 123). De plus la fluorescence du SYBR Green I, une fois fixé aux acides nucléiques, n’est pas sensible au formaldéhyde, molécule utilisée pour conserver les échantillons marins prélevés in situ, ce qui n’oblige pas à laver les cellules pour supprimer le fixateur en excès.
Le volume final de SYBR Green I employé pour colorer les bactéries hétérotrophes est de l’ordre du 1/1000éme de la solution du commerce, à moduler en fonction de l’abondance cellulaire de l’échantillon.
