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CV Gérald GREGORI

Chargé de Recherche CNRS.

(HDR-Habilitation à diriger les recherches)

Mediterranean Institute of Oceanography

Institut Méditerraneen d’Oceanologie

MIO UMR 7294 UM110

163 avenue de Luminy, Case 901, Bâtiment OCEANOMED-Pacifique

13288 Marseille cedex 9 (France)

tél/phone: 33 486 090 515  

gerald.gregori@univ-amu.fr

gerald.gregori@mio.osupytheas.fr

https://precym.mio.univ-amu.fr/

 

EXPERIENCE PROFESSIONNELLE

  • Depuis octobre 2004 Chargé de Recherche  CNRS au Laboratoire LMGEM UMR 6117 à Marseille puis MIO UMR 7294 depuis 2012..
  • Août 2002-Septembre 2004 Post-doctoral Research Associate à l’Université de Purdue (Indiana, Etats-Unis).
  • Avril 2002-Juillet 2002 Attaché Temporaire à l’Enseignement et à la Recherche de l’Université de la Méditerranée au Centre d’Océanologie de Marseille (OSU).
  • Janvier 2001-Avril 2002 Contrat CDD avec le LOB UMR6135.
  • Novembre 1997-Décembre 2001     Thèse de Doctorat en Sciences de l’Environnement Marin, Université de la Méditerranée (LOB, UMR 6535, OSU, Marseille). Titre : « Ultraplancton dans la baie de Marseille : séries temporelles, viabilité bactérienne et mesure de la respiration par cytométrie en flux», ». (Mention Très Honorable avec les félicitations du jury).

CURSUS UNIVERSITAIRE

  • 2020 Habilitation à diriger des recherches (HDR)
  • 2001 Thèse de Doctorat en Sciences de l’Environnement Marin, Université de la Méditerranée (LOB, UMR 6535, OSU, Marseille). Titre : « Ultraplancton dans la baie de Marseille : séries temporelles, viabilité bactérienne et mesure de la respiration par cytométrie en flux», ». (Mention Très Honorable avec les félicitations du jury).
  • 1997  DEA Sciences de l’Environnement Marin, option “Océanologie biologique”. Université de la Méditerranée (COM, OSU, Marseille) .
  • 1996 Maîtrise d’Océanologie, option “biologie”. Université de la Méditerranée (COM, OSU, Marseille).
  • 1995 Maîtrise de Sciences Naturelles. Université de Provence (Marseille).
  • 1994 Licence de Sciences Naturelles. Université de Provence (Marseille).
  • 1992 DEUG Sciences de la Nature et de la Vie. Université de Provence (Marseille).
  • 1990 Baccalauréat Série D. Académie d’Aix-Marseille.

 

PUBLICATIONS SCIENTIFIQUES

Revues à comité de lecture

  1. Jingyuan Li , Ping Du , Haibo Li , Yuan Zhao , Ming Mao , Li Zhao , Yi Dong , Yepeng Xu , Gérald Grégori, Wuchang Zhang (2024). Seasonal organization of tintinnid community by temperature preference and LOD size-class in a subtropical brackish embayment. Journal of Plankton Research ⟨10.1093/plankt/fbae005⟩.
  2. Roxane Tzortzis, Andrea M. Doglioli, Monique Messié, Stéphanie Barrillon, Anne A. Petrenko, Lloyd Izard, Yuan Zhao, Francesco d’Ovidio, Franck Dumas, and Gérald Gregori (2023). The contrasted phytoplankton dynamics across a frontal system in the southwestern Mediterranean Sea. Biogeosciences. (20)16. p.3491 – 3508. 10.5194/bg-20-3491-2023
  3. Barrillon, S., Fuchs, R., Petrenko, A.A., Comby, C., Bosse, A., Yohia, C., Fuda, J.L., Bhairy, N., Cyr, F., Doglioli, A.M., Grégori, G., Tzortzis, R., d’Ovidio, F. and Thyssen, M. (2023). Phytoplankton reaction to an intense storm in the north-western Mediterranean Sea. Biogeosciences, 20(1), pp. 141-161.
  4. Breton Elsa, Savoye Nicolas, Rimmelin-Maury Peggy, Sautour Benoit, Goberville Eric, Lheureux Arnaud, Cariou Thierry, Ferreira Sophie, Agogué Hélène, Alliouane Samir, Aubert Fabien, Aubin Sébastien, Berthebaud Eric, Blayac Hadrien, Blondel Lucie, Boulart Cédric, Bozec Yann, Bureau Sarah, Caillo Arnaud, Cauvin Arnaud, Cazes Jean-Baptiste, Chasselin Léo, Claquin Pascal, Conan Pascal, Cordier Marie-Ange, Costes Laurence, Crec’hriou Romain, Crispi Olivier, Crouvoisier Muriel, David Valérie, Del Amo Yolanda, De Lary Hortense, Delebecq Gaspard, Devesa Jeremy, Domeau Aurélien, Durozier Maria, Emery Claire, Feunteun Eric, Fauchot Juliette, Gentilhomme Valérie, Geslin Sandrine, Giraud Mélanie, Grangeré Karine, Grégori Gerald, Grossteffan Emilie, Gueux Aurore, Guillaudeau Julien, Guillou Gael, Harrewyn Manon, Jolly Orianne, Jude-Lemeilleur Florence, Labatut Paul, Labourdette Nathalie, Lachaussée Nicolas, Lafont Michel, Lagadec Veronique, Lambert Christophe, Lamoureux Jezebel, Lanceleur Laurent, Lebreton Benoit, Lecuyer Eric, Lemeille David, Leredde Yann, Leroux Cédric, Leynaert Aude, L’Helguen Stéphane, Liénart Camilla, Macé Eric, Maria Eric, Marie Barbara, Marie Dominique, Mas Sébastien, Mendes Fabrice, Mornet Line, Mostajir Behzad, Mousseau Laure, Nowaczyk Antoine, Nunige Sandra, Parra René, Paulin Thomas, Pecqueur David, Petit Franck, Pineau Philippe, Raimbault Patrick, Rigaut-Jalabert Fabienne, Salmeron Christophe, Salter Ian, Sauriau Pierre-Guy, Seuront Laurent, Sultan Emmanuelle, Valdès Rémi, Vantrepotte Vincent, Vidussi Francesca, Voron Florian, Vuillemin Renaud, Zudaire Laurent., Garcia Nicole. Data quality control considerations in multivariate environmental monitoring: experience of the French coastal network SOMLIT. Frontiers in Marine Science, 10. 2023 DOI=10.3389/fmars.2023.1135446.
  5. Li Haibo, Tarran Glen A., Dall’Olmo Giorgio, Rees Andrew P., Denis Michel, Wang Chaofeng, Grégori Gérald, Dong Yi, Zhao Yuan, Zhang Wuchang, Xiao Tian. Organization of planktonic Tintinnina assemblages in the Atlantic Ocean. Frontiers in Marine Science, 10. 2023. DOI=10.3389/fmars.2023.1082495
  6. Thyssen M., Gregori G.J., Creach V., Lahbib S., Dugenne M., Aardema, H.M., Artigas L.F., Huang B., Barani A., Beaugeard L., Bellaaj-Zouari A., Beran A., Casotti R., Del Amo Y., DENIS M.J., Dubelaar G.B.J, Endres, S., Haraguchi L., Karlson B., Lambert C., Louchart ., Marie D., Moncoiffé G., Pecqueur D., Ribalet F., Rijkeboer M., Silovic T., Silva R., S. Marro, Sosik H.S., Sourisseau M., Tarran G.A., Van Oostende N., Zhao L., and Zheng S. (2022) Interoperable vocabulary for marine microbial flow cytometry. Methods, Front. Mar. Sci. – Ocean Observation, 9, 975877, https://doi.org/10.3389/fmars.2022.975877
  7. Lheureux A., David V., Del Amo Y., Soudant D., Auby I., Bozec Y., Conan P., Ganty F., Grégori G., Lefebvre A., Leynart A., Rimmelin-Maury P., Souchu P., Vantrepote V., Blondel C., Cariou T., Crispi O., Cordier M.A., Crouvoisier M., Duquesne V., Ferreira S., Garcia N., Gouriou L., Grosteffan E., Le Merrer Y., Meteigner C., Retho M., Tournaire M.P., Savoye N. (2023). Trajectories of nutrients concentrations and ratios in the French coastal ecosystems: 20 years of changes in relation with large-scale and local drivers. Sci. Total Environ. 857, 159619. doi: 10.1016/j.scitotenv.2022.159619
  8. Zhao Y., Zhao Y., Zheng S., Zhao L., Zhang W., Xiao T., and G.J. Grégori. Enhanced resolution of marine viruses with violet side scatter. Cytometry. 2022. https://doi.org/10.1002/cyto.a.24674
  9. Boss E., Waite A.M., Karstensen J., Trull T., Muller-Karger F.E., Sosik H.M., Uitz J., Acinas S.G., Fennel K., Berman-Frank I., Thomalla S., Yamazaki H., Batten S.D., Grégori G.J., Richardson A.J., Wanninkhof R. (2022). Recommendations for plankton measurements on OceanSITES moorings with relevance to other observing sites. Frontiers in Marine Science. https://doi.org/10.3389/fmars.2022.929436
  10. Fuchs, R., Thyssen, M., Creach, V., Dugenne, M., Izard, L., Latimier, M., Louchart, A., Marrec, P., Rijkeboer, M., Grégori, G. and Pommeret, D. (2022), Automatic recognition of flow cytometric phytoplankton functional groups using convolutional neural networks. Limnol Oceanogr Methods. https://doi.org/10.1002/lom3.1049310.1002/lom3.10493
  11. Denis M.,  Lefèvre D.,  Thyssen M., Jenkinson I., Grégori G. (2022). Pulsed export of carbon in the north-western Mediterranean Sea. Journal of Oceanology and Limnology. https://doi.org/10.1007/s00343-022-2026-0
  12. Comby C,  Barrillon S., Fuda J.L., Doglioli A.M., Tzortzis R., Grégori G., Thyssen M., and Petrenko A.A. (2022). Measuring vertical velocities with ADCPs in low-energy ocean. Journal of atmospheric and oceanic technology. https://doi.org/10.1175/JTECH-D-21-0180.1
  13. Li H, Xuan J, Wang C, Chen Z, Grégori G, Zhao Y and Zhang W (2021) Summertime Tintinnid Community in the Surface Waters Across the North Pacific Transition Zone. Front. Microbiol. 12:697801. doi: 10.3389/fmicb.2021.697801 SMASH
  14. Baklouti M., Pagès R., Alekseenko E., Guyennon A., Grégori G. (2021) On the benefits of using cell quotas in addition to intracellular elemental ratios in flexible-stoichiometry Plankton Functional Type models. Application to the Mediterranean Sea. Progress in Oceanography, 197: 102634, ISSN 0079-6611.
  15. Freney E. et al. (2021). Mediterranean nascent sea spray organic aerosol and relationships with seawater biogeochemistry. Atmos. Chem. Phys., 21, 10625–10641. https://doi.org/10.5194/acp-21-10625-2021
  16. Tzortzis, R., Doglioli, A. M., Barrillon, S., Petrenko, A. A., d’Ovidio, F., Izard, L., Thyssen, M., Pascual, A., Barceló-Llull, B., Cyr, F., Tedetti, M., Bhairy, N., Garreau, P., Dumas, F., and Grégori, G. (2021). Impact of moderate energetic fine-scale dynamics on the phytoplankton community structure in the western Mediterranean Sea, Biogeosciences, 18, 6455–6477. https://doi.org/10.5194/bg-18-6455-2021
  17. Karine Sellegri, Alessia Nicosia, Evelyn Freney, Julia Uitz, Melilotus Thyssen, et al.. Surface ocean microbiota determine cloud precursors. Scientific Reports, Nature Publishing Group, 2021, 11, doi 10.1038/s41598-020-78097-5 SMASH. hal-03107746
  18. Wang C., Li H., Dong Y., Zhao L., Grégori G., Zhao Y., Zhang, Xiao T. (2021). Planktonic ciliate trait structure variation over Yap, Mariana and Caroline seamounts in the tropical western Pacific Ocean. J. Ocean. Limnol. https://doi.org/10.1007/s00343-021-0476-4.
  19. Guieu Cecile, Desboeufs Karine et al. (2020). BIOGEOCHEMICAL dataset collected during the PEACETIME cruise. SEANOE. https://doi.org/10.17882/75747
  20. Yanchu Zhao, Yuan Zhao, Shan Zheng, Li Zhao, Xuegang Li, Wuchang Zhang, Gérald Grégori, Tian Xiao (2020). Virioplankton distribution in the tropical Western Pacific Ocean in the vicinity of a seamount”. MicrobiologyOpen. doi ://doi.org/10.1002/mbo3.1031
  21. Garreau, P., Dumas, F., Louazel, S., Correard, S., Fercocq, S., Le Menn, M., Serpette, A., Garnier, V., Stegner, A., Le Vu, B., Doglioli, A., and Grégori, G. 2019 : PROTEVS-MED field experiments : Very High-Resolution Hydrographic Surveys in the Western Mediterranean Sea, Earth Syst. Sci. Data Discuss., https://doi.org/10.5194/essd-2019-173.
  22. d’Ovidio F., Pascual A., Wang J., Doglioli A., Jing Z., Moreau S., Grégori G., SwartS., Speich S., Cyr F., Legresy F., Chao Y., Fu L. and Anne Morrow R.. Frontiers in Fine-Scale in situ Studies : Opportunities During the SWOT Fast Sampling Phase. Frontiers in Marine Science, Frontiers Media, 2019, 6, DOI: 10.3389/fmars.2019.00168.
  23. Rousselet L., Doglioli A. , Verneil A., Pietri A., Della Penna A., Berline L., Marrec P., Grégori G., Thyssen M., Carlotti F., Barrillon S., Simon-Bot F., Bonal M., d’Ovidio F., and Petrenko A.. Vertical motions and their effects on a biogeochemical tracer in a cyclonic structure finely observed in the Ligurian Sea. Journal of Geophysical Research. Oceans, Wiley-Blackwell, 2019, DOI: 10.1029/2018JC014392.
  24. Chifflet S., Quemeneur M., Barani A., Angeletti B., Didry M., Grégori G., Pradel N.. Impact of sterilization methods on dissolved trace metals concentrations in complex natural samples : optimization of UV irradiation. MethodsX, Elsevier, 2019, ⟨10.1016/j.mex.2019.04.020⟩
  25. Liang C., Li H., Zhao Y., Tao Z., Li C., Zhang W., Grégori G. 2018. Vertical distribution of planktonic ciliates in open waters near Prydz Bay (East Antarctica) during austral summer, with emphasis on loricate species assemblages. Polar Biology 41, Issue 11, 2355–2371. DOI: 10.1007/s00300-018-2375-5.
  26. Delpy F., Serranito B., Jamet J.L., Grégori G., Le Poupon C., and Jamet D. 2018. Pico- and nanophytoplankton dynamics in two coupled but contrasting coastal bays in the NW Mediterranean Sea (France)”. Estuaries and Coasts 41, Issue 7, 2039–2055. https://doi.org/10.1007/s12237-018-0412-9
  27. Emmanuel Boss, Anya Waite, Frank Muller-Karger, Hidekatsu Yamazaki, Rik Wanninkhof, Julia Uitz, Sandy Thomalla, Heidi Sosik, Bernadette Sloyan, Anthony Richardson, Patricia Miloslavich, Johannes Karstensen, Gérald Grégori, Katja Fennel, Herve Claustre, Marcela Cornejo, Ilana Berman-Frank, Sonia Batten, and Silvia Acinas 2018. Beyond chlorophyll fluorescence : The time is right to expand biological measurements in Ocean observing programs. Limnology and Oceanography Bulletin 27(3). DOI : https://doi.org/10.1002/lob.10243
  28. Leblanc, K., Queguiner, B., Diaz, F., Cornet, V., Michel-Rodriguez, M., Durrieu de Madron, X., Bowler, C., Malviya, S., Thyssen, M., Grégori, G., Rembauville, M., Grosso, O., Poulain, J., de Vargas, C., Pujo-Pay, M., Conan, P. 2018. Nanoplanktonic diatoms are globally overlooked but play a role in spring blooms and carbon export. Nature Communication 9 (1), 953. DOI :10.1038/s41467-018-03376-9
  29. Marrec P., Grégori G., Doglioli A.M., Dugenne M., Della Penna A., Bhairy N., Cariou T., Helias Nunige S., Lahbib S., Rougier G., Wagener T., Thyssen M. 2018. Coupling physics and biogeochemistry thanks to high resolution observations of the phytoplankton community structure in the North-Western Mediterranean Sea. Biogeosciences., doi:10.5194/bg-2017-343.
  30. Kojadinovic-Sirinelli M., Villain A., Puppo C., Fon Sing S., Prioretti L., Hubert P., Grégori G., Zhang Y., Sassi J.F., Claverie J.M., Blanc G., Gontero B. 2018. Exploring the microbiome of the “star” freshwater diatom Asterionella formosa in a laboratory context. Environmental Microbiology 20 (10), 3601-3615. DOI:10.1111/1462-2920.14337
  31. Leroux R., Grégori G., Leblanc K., Carlotti F., Thyssen M., Dugenne M., Pujo-Pay M., Conan P., Jouandet M.-P., Bhairy N., Berline L., 2017. Combining laser diffraction, flow cytometry and optical microscopy to characterize a nanophytoplankton bloom in the northwestern Mediterranean. Progress in Oceanography 163, 248-259. DOI: 10.1016/j.pocean.2017.10.010
  32. Garcia-Robledo E., Padilla C.C., Aldunate M., Stewart F.J., Ulloa O., Paulmier A., Grégori G., Revsbech N.P. (2017). Cryptic oxygen cycling in anoxic marine zones. PNAS 2017 114 (31) 8319-8324. (doi : 10.1073/pnas.1619844114)
  33. Silovic T., Grégori G., Dugenne M., Thyssen M., Calendreau F., Cossart T., Kools H., Dubelaar G., Denis M. 2017. A new automated flow cytometer for high frequency in situ characterisation of heterotrophic microorganisms and their dynamics in aquatic ecosystems. Proceedings of the IMEKO International Conference on Metrology for The Sea, Naples, Italy, October 11-13, 2017. 58-61
  34. Moutier W, Duforet-Gaurier L, Thyssen M, Loisel H, Meriaux X, Courcot L, Dessailly D., Reve A.H, Grégori G., Alvain S., Barani A., Brutier L., Dugenne M. (2017). Evolution of the scattering properties of phytoplankton cells from flow cytometry measurements. PLoS ONE 12(7) : e0181180. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0181180
  35. Prioretti L., Avilan L., Carriere F., Montane M.H., Field B., Grégori G., Menand B., Gontero B.. 2017. The inhibition of TOR in the model diatom Phaeodactylum tricornutum promotes a get-fat growth regime. Algal Research September 2017 26:265-274. https://doi.org/10.1016/j.algal.2017.08.009
  36. Villain A., Kojadinovic M., Puppo C., Prioretti L., Hubert ., Zhang Y., Grégori G., Roulet A., Claverie J.M., Gontero B., Blanc G. (2017). Complete Mitochondrial Genome Sequence of the freshwater diatom Asterionella formosa. Mitochondrial Dna Part B, 2 (1) : 97-98. (doi : 10.1080/23802359.2017.1285210)
  37. Bengt K., Felipe A., Veronique C., Arnaud L., Guillaume W., Jukka S et al. (2017). JERICO-NEXT. Novel methods for automated in situ observations of phytoplankton diversity. D3.1. JERICO-NEXT-WP3-D3.1, 4 Oct. 2017. http://archimer.ifremer.fr/doc/00422/53393/
  38. Girault M., Grégori G., Barani A.and Arakawa H. (2016). A study of microphytoplankton and cyanobacteria consortia in four oligotrophic regimes in the western part of the north pacific subtropical gyre and in the warm pool. J. Plankton Res.38 (5) : 1317-1333. doi : 10.1093/plankt/fbw056
  39. Bonnet S., Berthelot H., Turk-Kubo K., Cornet-Barthaux V., Fawcett S., Berman-Frank I., Barani A., ·Grégori G., Dekaezemacker J., Benavides M., Capone D.G. (2016). Diazotroph derived nitrogen supports diatom growth in the South West Pacific : a quantitative study using nanoSIMS. Limnol. & Oceanogr 61 (5), 1549-1562. DOI : 10.1002/lno.10300
  40. Girault M., Arakawa H., Barani A., Ceccaldi H. J. , Hashihama H. J. , and Grégori G. (2015). Heterotrophic prokaryote distribution along a 2,300 km transect in the North Pacific subtropical gyre during strong La Niña conditions : relationship between distribution and hydrological conditions. Biogeosciences, 12, 3607–3621.
  41. Vinay M, Franche N, Grégori G, Fantino J-R, Pouillot F, Ansaldi M (2015) Phage-Based Fluorescent Biosensor Prototypes to Specifically Detect Enteric Bacteria Such as E. coli and Salmonella enterica Typhimurium. PLoS ONE 10(7) : e0131466. doi:10.1371/journal.pone.0131466
  42. Dugenne M, Thyssen M, Nerini D, Mante C, Poggiale J, Garcia N, Garcia F and Grégori GJ (2014). Consequence of a sudden wind event on the dynamics of a coastal phytoplankton community : an insight into specific population growth rates using a single cell high frequency approach. Front. Microbiol. 5:485. doi : 10.3389/fmicb.2014.00485.
  43. Céa B., Lefèvre D., Chirurgien L., Raimbault P., Garcia N., Charrière B., Grégori G., Ghiglione J.F., Barani A., Lafont M., Van Wambeke  F. (2014). An annual survey of bacterial production, respiration and ectoenzyme activity in coastal NW Mediterranean waters : temperature and resource controls. Environmental Science and Pollution Research. 22 (18), 13654-13668. DOI 10.1007/s11356-014-3500-9
  44. Thyssen M., Grégori G., Grisoni J.M., Pedrotti M.L., Mousseau L., Artigas L. F., Marro S., Garcia N., Passafiume O., Denis J.M. (2014). Onset of the spring bloom in the northwestern Mediterranean Sea : influence of environmental pulse events on the in situ hourly-scale dynamics of the phytoplankton community structure. Frontiers in microbiology 5:387. Doi:10.3389/fmicb.2014.00387
  45. Camps M., Barani A., Grégori G., Bouchez A., Le Berre B., Bressy C., Blache Y., and Briand J. F., (2014). Antifouling coatings influence both abundance and community structure of colonizing biofilms : a case study in the North-Western Mediterranean Sea. Applied and Environmental Microbiology 80 (16), 4821-4831. DOI:10.1128/AEM.00948-14.
  46. D Bănaru, F Carlotti, A Barani, G Grégori, N Neffati, M Harmelin-Vivien (2014). Seasonal variation of stable isotope ratios of size-fractionated zooplankton in the Bay of Marseille (NW Mediterranean Sea). Journal of Plankton Research 36 (1), 145-156.
  47. Girault, M., Arakawa, H., Barani, A., Ceccaldi, H. J., Hashihama, F., Kinouchi, S., and Grégori, G. (2013) Distribution of ultraphytoplankton in the western part of the North Pacific subtropical gyre during a strong La Niña condition: relationship with the hydrological conditions, Biogeosciences, 10, 5947-5965, doi:10.5194/bg-10-5947-2013, 2013.
  48. Novo D., Grégori G., Rajwa B. (2013). Generalized unmixing model for multispectral flow cytometry utilizing non-square compensation matrices. Cytometry Part A 83A : 508-520.
  49. Banaru D., Carlotti F., Barani A., Grégori G., Neffati N., Harmelin-Vivien M. (2013) Seasonal variation of stable isotope ratios of size-fractionated zooplankton in the Bay of Marseille (NW Mediterranean Sea). Journal of Plankton Research. doi: 10.1093/plankt/fbt083
  50. Lafabrie C., Garrido M., Leboulanger C., Cecchi P., Grégori G., Pasqualini V., Pringault O. (2013) Impact of contaminated-sediment resuspension on phytoplankton in the Biguglia lagoon (Corsica, Mediterranean Sea). Estuarine, Coastal and Shelf Science, Volume 130, 70–80.
  51. Grégori G., Patsekin V., Rajwa B., Jones J., Ragheb K., Holdman C., Robinson J.P. (2012). Hyperspectral cytometry at the single-cell level using a 32-channel photodetector. Cytometry Volume 81A, Issue 1, pages 35–44.
  52. Zhao L., Denis M., Barani A., Beker B., Mante C., Xao T. and Grégori G. (2012). Possible bloom of free trichomes in the Bay of Marseille, NW Mediterranean Sea : an anomaly evidenced by flow cytometry. J. Plankton Res. 34 (8) : 711-718.
  53. Malkassian, A., Nerini, D., van Dijk, M. A., Thyssen, M., Mante, C. and Grégori, G. (2011), Functional analysis and classification of phytoplankton based on data from an automated flow cytometer. Cytometry, 79A : 263–275. doi : 10.1002/cyto.a.21035
  54. Trigui H., Masmoudi S., Brochier-Armanet C., Barani A., Grégori G., Denis M., Dukan S., Maalej S. (2011) Characterization of heterotrophic prokaryote subgroups in the Sfax coastal solar salterns by combining flow cytometry cell sorting and phylogenetic analysis. Extremophiles, 15(3):347-58
  55. Van dijk, M.,Grégori, G.,Hoogveld, H.,Rijkeboer, M.,Denis, M.,Malkassian, M.,Gons, H. (2010) Optimizing the setup of a flow cytometric cell sorter for efficient quantitative sorting of long filamentous cyanobacteria. Cytometry 77A, Issue 10:905–995
  56. Topcu, E.,Perez, T.,Grégori, G.,Harmelin, M. (2010) In situ investigation of Spongia officinalis (Demospongiae) particle feeding : coupling flow cytometry and stable isotope analysis. J. Exp. Mar. Biol. Ecol. Volume 389, Issues 1-2 : 61-69
  57. Eichinger, M.,Sempéré, R.,Grégori, G.,Charrière, B.,Poggiale, J.C.,Lefèvre, D. (2010) Increased bacterial growth efficiency with environmental variability : results from DOC degradation by bacteria in pure culture experiments. Biogeosciences 7, 1861-1876
  58. Duhamel S., Grégori G., Van Wambeke F., and Nedoma J. (2009) Detection of extracellular phosphatase activity at the single cell level by enzyme-labelled fluorescence and flow cytometry : the importance of time kinetics in ELFA labelling. Cytometry 75A Issue 2 : 163 – 168.
  59. Eichinger, M.,Koojman, S.,Sempéré, R.,Lefèvre, D.,Gregori, G.,Charrière, B.,Poggiale, J.C. (2009) DOC consumption and release by marine bacteria in pulsed-substrate environment : from experiments to modelling. Aquatic Microbial Ecology 56:41–54.
  60. Duhamel S., Grégori G., Mauriac R., Van wambeke F., Nedoma J. (2008) A method for analysing phosphatase activity in aquatic bacteria at the single cell level using flow cytometry. J Microbiol Methods 75, 269–278.
  61. Rakotomalama, L., Studach, L., Wang, W., Grégori, G., Hullinger, R.L., Andrisani, O., (2008) Hepatitis B virus X protein increases the Cdt 1 to to geminin ratio inducing DNA re-replication and polyploidy. J. Biol. Chem 283, 28729-28740.
  62. Thyssen M., Tarran G.A., Zubkov M., Holland R.J., Gregori G., Burkill P.H., Denis M. (2008) The emergence of automated high frequency flow cytometry : revealing temporal and spatial phytoplankton variability. Journal of Plankton Research. 30 (3), 333-343.
  63. Snider, C., Lee, S., Yeo, Y., Grégori, G., Robinson, J.P., Park, K., (2007) Microenvironmentcontrolled encapsulation (MiCE) process : effect of PLGA concentration, flow rate and collection method on microcapsule size and morphology. Pharmaceutical Res 25(1) : 5-15.
  64. Bernas T, Grégori G, Asem EK, and Robinson JP (2006). Integrating cytomics and proteomics. Molecular and cellular proteomics 5 : 2-13.
  65.  Blatchley E., Shen, Naunovic Z., Lin L.S., Lyn D.A., Robinson J. P., Ragheb K., Grégori G., Bergstrom D., Fang S., Jennings K., Gunaratna N. (2006). Photochemical reactor characterization by Lagrangian actinometer. Journal of Environmental Engineering, ASCE. 132(11) : 1390-1403.
  66. Tamburini, C., Garcin, J., Grégori, G., Leblanc, K., Kirchman, D.L., (2006) Pressure effects on surface Mediterranean prokaryotes and biogenic silica dissolution during a diatom sinking experiment.. Aquatic Microbial Ecology 43(3) : 267-276
  67. Venkatapathi M., Grégori G., Ragheb K., Robinson J.P, Hirleman E.D. (2006) Measurement and analysis of angle-resolved scatter from small particles in a cylindrical microchannel. Applied Optics 45 : 2222-2231.
  68. J.P. Robinson, B. Rajwa, G. Grégori, J. Jones, and V. Patsekin (2005). Multispectral cytometry of single bio-particles using a 32-channel detector. — Volume 5692 Advanced Biomedical and Clinical Diagnostic Systems III, Tuan Vo-Dinh, Warren S. Grundfest, David A. Benaron, Gerald E. Cohn, Editors: 359-365.
  69. Rajwa, W. Ahmed, M. Venkatapathi, G. Grégori, F. Jin, J. Soos, S. Trivedi, and J. P. Robinson (2005). AOTF-based system for image cytometry. Proceedings of SPIE — Volume 5694 Spectral Imaging: Instrumentation, Applications, and Analysis III, Gregory H. Bearman, Anita Mahadevan-Jansen, Richard M. Levenson, Editors: 16-23.
  70. Zhou, G. Grégori, J. M. Blackman, J. P. Robinson and B. L. Wanner. Stochastic activation of the response regulator PhoB by noncognate histidine kinases. In: Yearbook Bioinformatics 2005, R. Hofestädt (ed.), pp. 25-38. Magdeburg: IMBio, Informationsmanagement in der Biotechnologie e.V..
  71. Wang WH, Grégori G., Hullinger RL, Andrisani OM (2004). Sustained activation of p38 mitogen-activated protein kinase and c-Jun N-terminal kinase pathways by hepatitis B virus X protein mediates apoptosis via induction of Fas/FasL and tumor necrosis factor (TNF) receptor 1/TNF-alpha expression. Mol Cell Biol. 24(23):10352-65. IF 7.822
  72. Grégori G., M. Denis, D. Lefèvre, J.C. Romano (2003). Viabilité des bactéries hétérotrophes dans la baie de Marseille. Comptes Rendus Biologie 326 : 739-750.
  73. Desnues B., C. Cuny, G. Grégori, S. Dukan, H. Aguilaniu, T. Nystrom (2003). Differential oxidative damage and expression of stress defence regulons in culturable and non-culturable Escherichia coli cells. EMBO Reports 4 (4): 400-404. IF 7.390
  74. Grégori G., M. Denis, D. Lefèvre, B. Becker (2003). A flow cytometric approach to assess phytoplankton respiration. Methods in Cell Science 24: 99-106.
  75. Grégori G. (2002) Ultraplancton dans la baie de Marseille : séries temporelles, viabilité bactérienne et mesure de la respiration par cytométrie en flux. J. Rech. Océanogr. 27 : 109-111.
  76. Grégori G., A. Colosimo, M. Denis (2001). Phytoplankton group dynamics in the bay of Marseilles during a 2-year survey based on analytical flow cytometry. Cytometry 44: 247-256.
  77. Grégori G., S. Citterio, A. Ghiani, M. Labra, S. Sgorbati, S. Brown, M. Denis (2001) Resolution of viable and membrane compromised bacteria in fresh and marine waters based on analytical flow cytometry and nucleic acid double staining. Appl. Environ. Microbiol.67: 4662-4670.
  78. Christaki U., Giannakourou A., Van Wambeke F. and Grégori G. (2001) Nanoflagellate predation on auto- and heterotrophic picoplankton in the oligotrophic Mediterranean Sea. J. Plankton Res. 23: 1297-1310.

Rq : Les auteurs soulignés sont les Doctorants que j’ai supervisés ou les étudiants que j’ai co-encadré pour leurs travaux en cytométrie.

 

 

Revues sans comité de lecture

  • Grégori G., Denis M., Sgorbati S., Citterio S. 2018. Resolution of Viable and Membrane‐Compromised Free Bacteria in Aquatic Environments by Flow Cytometry. Current Protocols In Cytometry [29 Jun 2018:e42]. DOI : 10.1002/cpcy.42
  • Franck D., Garreau P., Louazel S., Correard S., Fercoq S., Le Menn M., Serpette A., Garnier V., Stegner A., Le Vu B., Doglioli A., Grégori G. (2018). PROTEVS-MED field experiments: Very High Resolution Hydrographic Surveys in the Western Mediterranean Sea. SEANOE. https://doi.org/10.17882/62352
  • Denis M., Thyssen M., Dugenne M., Grégori G.(2015) Recent advances in assessing the Dynamics of phytoplankton assemblages by high frequency analysis at the single cell level. Biophysics and Bioengineering Letters. 7 : 77-85.
  • Grégori G., Thyssen M., Denis M., Grisoni J., Mousseau L., and Pedrotti M. (2014). Near-real time in situ monitoring of phytoplankton by remote flow cytometry : Evidence of sporadic events on the community structure and dynamics. Rapp. Comm. int. Mer Médit., 40, p429.
  • Thyssen M., Grégori G., Alvain S., Artigas F., Bachet C., Cornet V., Denis M., Grosso O., Lefèbvre A., and Lefèvre D. (2014). Surface phytoplankton community structure within the deep water convection context in the Northern Mediterranean Sea, an automated flow cytometry approach. Rapp. Comm. int. Mer Médit., 40, p433.
  • Malkassian A., Mante C., Thyssen M., Nérini D., Garcia F., Grégori G. (2013) Suivi in situ et à haute fréquence de la dynamique des assemblages phytoplanctoniques dans l’étang de Berre. In : Les actes des rencontres scientifiques autour de l’étang de Berre. Eds : GIPREB : p.183-192
  • Grégori, G.,Denis, M.,Duhamel, S.,Van wambeke, F. (2010) Analysis of phosphatase activity from aquatic heterotrophic bacteria at the single cell level by flow cytometry : example of developement achieved in the Regional Flow Cytometry Platform for Microbiol. Proceedings of the CFJO. 255-258. Ceccaldi H.J., Dekeyser I., Girault M., Stora G. Eds. Springer
  •  Mebarek, L.,Denis, M.,Grégori, G., (2010) A new method to measure prokaryote respiration at the single cell level by flow cytometry. Proceedings of the CFJO. . 255-258. Ceccaldi H.J., Dekeyser I., Girault M., Stora G. Eds. Springer
  • Christaki U., A. Giannakourou, F. Van Wambeke, G. Grégori (2000). Picoplankton and nanoplankton coupling in the euphotic zone of the Mediterranean Sea. CIESM Workshop Series 11 : 25-26.

Rq : Les auteurs soulignés sont les Doctorants que j’ai supervisés.

 

 

Brevets

  • Blatchley, E., Shen, C., Naunovic, Z., Lin, L., Lyn, D., Bergstrom, D., Fang, S., Guan, Y., Robinson, J., Ragheb, K., Grégori, G. (2010) Dyed microspheres for characterization of photochemical reactor behavior. U.S. Patent US 7842512
  • Robinson J.P., Rajwa B., Grégori G., Patsekine V., (2007) Multi-spectral detector and analysis system. US Patent n° 7280204 B. Ce brevet a fait l’objet d’une licence d’exploitation octroyée à la Société SONY, première société à avoir produit un cytomètre spectral (modèle SP6800).

 

 

Chapitres de livres

  • Grenot P., Grégori G., Mayol J.F., Grunwald D., Duperray C. (2020). Les principes de la cytométrie en flux. In : La Cytométrie en flux (2ème Ed.).  Editeurs : MAYOL Jean-François, LAPLACE-BUILHÉ Corinne, MULLER Christian D. Lavoisier : 540p.
  • Grégori G., Denis M., Sgorbati S., Citterio S. 2018. Resolution of Viable and Membrane‐Compromised Free Bacteria in Aquatic Environments by Flow Cytometry. Current Protocols In Cytometry [29 Jun 2018:e42]. DOI : 10.1002/cpcy.42
  • Dugenne M, Thyssen M, Garcia N, Mayot N, Bernard G, Grégori G. Monitoring of a Potential Harmful Algal Species in the Berre Lagoon by Automated In Situ Flow Cytometry. In : Ceccaldi H-J, Hénocque Y, Koike Y, Komatsu T, Stora G, Tusseau-Vuillemin M-H, editors. Marine Productivity : Perturbations and Resilience of Socio-ecosystems : Springer International Publishing ; 2015. p 117-127.
  • Bertrand J-C, Bonin P, Caumette P, Gattuso J-P, Grégori G, Guyoneaud R, Le Roux X, Matheron R, Poly F. Biogeochemical Cycles. In : Bertrand J-C, Caumette P, Lebaron P, Matheron R, Normand P, Sime-Ngando T, editors. Environmental Microbiology : Fundamentals and Applications : Springer Netherlands ; 2015. p 511-617
  • Gérald Grégori, Bartek Rajwa, Valery Patsekin, James Jones, Motohiro Furuki, Masanobu Yamamoto, J. Paul Robinson (2014). Hyperspectral Cytometry. In : High-Dimensional Single Cell Analysis Current Topics in Microbiology and Immunology Volume 377, 2014, pp 191-210. Harris G. Fienberg, Garry P. Nolan Eds.
  • Jean-Claude Bertrand, Patricia Bonin, Pierre Caumette, Jean-Pierre Gattuso, Gérald Grégori, Rémy Guyoneaud, Xavier Le Roux, Robert Matheron & Franck Poly (2012). CHAPITRE 14 – LES CYCLES BIOGÉOCHIMIQUES. In : Ecologie Microbienne : Microbiologie des milieux naturels et anthropisés, 545-657. Bertrand J.C., Caumette P., Lebaron P., Matheron R., Normand P. Eds. Presses Universitaires de Pau et des Paysde l’Adour.
  • Grégori G., Denis M., Duhamel S., van Wambeke F (2011). Analysis of Phosphatase Activity from Aquatic Heterotrophic Bacteria at the Single Cell Level by Flow Cytometry : Example of a Development Achieved in the Regional Flow Cytometry Platform for Microbiology (Precym) Hosted by the Oceanology Center of Marseille. In : Global Change : Mankind-Marine Environment Interactions : Proceedings of the 13th French-Japanese Oceanography Symposium. 255-258. Ceccaldi H.J., Dekeyser I., Girault M., Stora G. Eds. Springer
  • Grégori G. (2010). Chapitre 13 : Analyse de l’ADN et du cycle cellulaire des bactéries marines par cytométrie en flux. In Cytométrie en flux et cycles cellulaires. Grunwald D., Ronot D., Mayol J.F., Eds. Lavoisier : 282p.
  • Duhamel S., Grégori G., Van Wambeke F., and Nedoma J.. Detection of Extracellular Phosphatase Activity of Prokaryotes at The Single Cell Level by Flow Cytometry. Current Protocol in Cytometry UNIT 11.18 (DOI :10.1002/0471142956.cy1118s49, Print Publication Date :July, 2009)
  • Charpy L., Grégori G., Rodier M. (2009). Le picoplancton photosynthétique. In : Clipperton, environnement et biodiversité d’un microcosme océanique – cpn 68. Etienne J.L., Ed : 83-88. ISBN : 978-2-7099-1660-8
  • Robinson, J.P., Grégori, G. (2007). Principles of Flow Cytometry. In : Flow Cytometry with Plant Cells. Dolezel, J., Greilhuber, J., Suda, J., Eds. Wiley-VCH Verlag GmbH & Co. KGaA : p 19-40. Print ISBN : 9783527314874 Online ISBN : 9783527610921.

 

 

Communications à des congrès

Nationaux

  • 2016 Congrès de l’Association Française de Cytométrie. 6-8 novembre 2016, Montpellier. (Organisateur et chairman de la session parallèle Océanographie). Caractérisation des micro-organismes marins par cytométrie en flux : de la cellule à l’océan (Oral).
  • 2015 Congrès de l’école Doctorale des Sciences de l’Environnement. 21-22 avril, Cassis. Taux nets de production journalière du phytoplancton en réponse aux gradients hydrologiques en Méditerranée. Poster présenté par M. Dugenne.
  • 2014 Journées Internationales de Limnologie et d’Océanographie. 21-23 mai à Marseille. Influence of a sudden event on the dynamics of phytoplankton. (Poster).
  • 2010 Grégori.G. Cytométrie en flux et océanographie : de la cellule à l’océan. Congrès de l’Association Française de Cytométrie (Orateur invité et chairman de la Session Microbiologie), Marseille.
  • 2007 Mebarek L., Denis M., Grégori G. Développement d’une nouvelle méthode de mesure de la respiration cellulaire des procaryotes hétérotrophes aérobies au moyen de la cytométrie en flux. Congrès Annuel de l’Association Francophone d’Ecologie Microbienne (La Grande-Motte, 15-18 octobre 2007) (Poster)
  • 2005 G. Grégori, M. Denis, D. Lefèvre, L. Mébarek. Une nouvelle approche pour mesurer la vitesse de respiration par cytométrie en flux. Congrès du Groupe Français de Bioénergétique (Carry-le-Rouet, Mai 2005) (Poster).
  • 1999 C. Dubreuil, S.O. Roy, D. Lefèvre, G. Grégori, M. Denis. The ultraphytoplankton in the frontal area of the Crozet Basin: a flow cytometric study. 12-15 octobre 1999, 6ème congrès annuel de l’Association Française de Cytométrie (AFC), Dijon, France (poster).
  • 1999 M. Denis, G. Grégori, D. Lefèvre. Développement d’une nouvelle méthode pour déterminer la respiration microbienne dans le milieu marin par cytométrie en flux, à l’aide de sondes fluorescentes sensibles au potentiel de membrane. 29-31 mars 1999, VIIème Colloque National du Groupe Français de Bioélectrochimie, Céret, France.
  • 1998 G. Grégori, D. Lefèvre, M. Denis. A new method to assess microbial respiration in seawater by flow cytometry. 6-9 octobre 1998, 5ème congrès annuel de l’Association Française de Cytométrie (AFC), Toulouse, France (communication orale et poster). Lauréat du prix de l’AFC pour le meilleur poster étudiant.

Internationaux

  • Grégori G. : How automated flow cytometry can improve our understanding of the plankton structure, distribution and functioning? June 18th 2021. XXXIV Web conference of the GIC.
  • Grégori G. : How automated flow cytometry can improve our understanding of the plankton structure, distribution and functioning?. June 16th 2021. XVII Conference of  the Iberian Society of Cytometry.
  • Tzortzis, R., Doglioli, A. M., Barrillon, S., Petrenko, A. A., d’Ovidio, F., Izard, L., Thyssen, M., Bhairy, N., Pascual, A., Barceló-Llull, B., Cyr, F., Tedetti, M., Garreau, P., D. Junzumas, F., Bordois, L., Comby, C., Rousselet, L., and Gregori, G.: Recent progress in the study of fine-scale physical-biological coupling in the Mediterranean Sea., EGU General Assembly 2021, online, 19–30 Apr 2021, EGU21-7133, https://doi.org/10.5194/egusphere-egu21-7133, 2021.
  • Fuda, J.-L., Barrillon, S., Doglioli, A., Petrenko, A., Gregori, G., Tzortzis, R., Comby, C., Thyssen, M., Lafont, M., Bhairy, N., Malengros, D., Guillemain, D., and Grenz, C.: A new approch for measuring ocean vertical velocities, EGU General Assembly 2021, online, 19–30 Apr 2021, EGU21-9371, https://doi.org/10.5194/egusphere-egu21-9371, 2021.
  • Barrillon, S., Comby, C., Fuda, J.-L., Petrenko, A., Thyssen, M., Grégori, G., Bosse, A., Tzortzis, R., Bhairy, N., Cyr, F., Bataille, H., d’Ovidio, F., and Doglioli, A.: Study of fine-scale dynamics and their coupling with biogeochemistry – FUMSECK cruise, EGU General Assembly 2021, online, 19–30 Apr 2021, EGU21-7199, https://doi.org/10.5194/egusphere-egu21-7199, 2021.
  • Comby, C., Barrillon, S., Fuda, J.-L., Doglioli, A., Tzortzis, R., Gregori, G., Thyssen, M., and Petrenko, A.: New insights for direct in situ measurement of oceanic vertical velocities in fine-scale studies., EGU General Assembly 2021, online, 19–30 Apr 2021, EGU21-4632, https://doi.org/10.5194/egusphere-egu21-4632, 2021.
  • 2015 Grenade, Espagne, 22-27 février, ASLO Meeting: In situ characterization of the marine microbe dynamics thanks to high frequency analysis at the single cell level: toward new paradigms. (Conférencier invité).
  • 2015 Grenade, Espagne, 22-27 février, ASLO Meeting: Physiological-based estimations of growth rates in natural and controlled phytoplanktonic populations by automated flow cytometry. (M. Dugenne et al., Oral).
  • 2014 INCOMMET (Improving National Capacities in Observation and Management of Marine Environment in Tunisia) final conference. INCOMMET is an EU-FP7 project (FP7-INCO-2011-6), Novembre 2014, Tunisie. (Poster de M. Dugenne).
  • 2013 Marseille, France, 28 oct-1 nov, 40th CIESM Congress : Phytoplankton community structure at the regional scale by combining in situ high frequency single cell analysis and PHYSAT remote sensing algorithm: influence of the winter deep water convection in the Northwestern Mediterranean sea. (Oral et Poster)
  • 2013 Marseille, France, 21 & 22 oct. 15 ème Colloque franco-japonais d’Océanographie. Monitoring of a potential harmful algal species in the Berre lagoon by automated in situ flow cytometry. (Poster)
  • 2012 Galway, Irlande, 6-7 Novembre, 2012. VIII Irish Cytometry Society Conference. CHARACTERIZATION OF MARINE MICROORGANISMS BY FLOW CYTOMETRY: FROM THE SINGLE CELL TO THE OCEAN SCALE. Orateur invite.
  • Organisateur de la 5th International Conference on Analysis of Microbial Cells at the Single Cell Level (au nom de l’European Federation of Biotechnology). November 5-8 2011, Carry-le- Rouet, France. (http://singlecell.sciencesconf.org/)
  • Gérald Grégori, Melilotus Thyssen, David Nérini, Anthony Malkassian, Patrick Raimbault, Fabrice Garcia, Aude Barani, Claude Manté. Dynamics of phytoplankton addressed by high frequency in situ monitoring. November 5-8 2011. 5th International Conference on analysis of microbial cells at the single cell level, Carry-le- Rouet, France (Poster).
  • Gérald Grégori, Bartek Rajwa, Valery Patsekin, Kathy Ragheb, Cheryl Holdman, James Jones, Paul Robinson. Hyperspectral cytometry at the single cell level using a 32 channel photodetector: preliminary results on bacteria. November 5-8 2011. 5th International Conference on analysis of microbial cells at the single cell level, Carry-le- Rouet, France (Présentation orale).
  • Li Zhao, Michel Denis, Aude Barani, Gérald Grégori. Temporal distribution of ultraplankton in the bay of Marseille : an unexpected phenomenon revealed by flow cytometry. November 5-8 2011. 5th International Conference on analysis of microbial cells at the single cell level, Carry-le- Rouet, France (Poster).
  • Malkassian Anthony, David Nérini, Mark A. van DIJK, Melilotus Thyssen, Claude Manté, Gérald Grégori. Functional data analysis and classification of phytoplankton based on autonomous flow cytometer data. November 5-8 2011. 5th International Conference on analysis of microbial cells at the single cell level, Carry-le- Rouet, France (Présentation orale).
  • Hana Trigui, Salma Masmoudi, Céline Brochier, Michel Denis, Gérald Grégori, Sam Dukan, Sami Maalej. Combination between flow cytometry and phylogenetic analysis allows to enumerate and discriminate halophilic hetrotrophic prokaryote subgroups in coastal solar salterns. November 5-8 2011. 5th International Conference on analysis of microbial cells at the single cell level, Carry-le- Rouet, France (Poster).
  • Malkassian A., Nérini D., Manté C., Grégori G. Functional Analysis and Classification of Phytoplankton Based on Autonomous Flow Cytometry Data. Congrès de l’International Society for Adancement of Cytometry May 8-12, 2010, Seattle, Etats-Unis.
  • Grégori G., Lefèvre D., Thyssen L., Denis M. ASLO Aquatic Sciences Meeting, 25-30 Jan. 2009, Nice (Présentation orale).
  • Grégori G., Duhamel S., et al. 13 ème Colloque Franco-Japonais d’Océanographie, 8-10 sept. 2008, Marseille (Présentation orale).
  • Mebarek L., Denis M., Grégori G. 13 ème Colloque Franco-Japonais d’Océanographie, 8-10 sept. 2008, Marseille (Poster).
  • Duhamel S., Grégori G., Mauriac R, Van Wambeke F., Nedoma J. 4th International Conference on analysis of microbial cells at the single cell level, Bad Schandau, Allemagne, 22-25 mai 2008 (Poster).
  • Duhamel S., Grégori G., et al.. Congrès de l’International Society of Analytical Cytology, Budapest, Hongrie, 17-21 mai 2008.
  • Grégori, M. Denis. Microbiologie marine : l’importance de l’approche cellulaire pour comprendre le fonctionnement de l’Océan. Congres de l’Association Francaise de Cytometrie (Bruges, Belgique, 18-20 Octobre 2006). (Orateur invité)
  • Denis M., Thyssen M., Grégori G. (2006) Short-term variability of heterotrophic bacteria of the northwestern Mediterranean in late summer 2004. Evidence for pulsed mineralisation in the water column. 3rd International Conference on Analysis of Microbial Cells at the Single Cell Level. Autriche.
  • ISAC, XXIII international congress, May, 19-24, 2006 Québec, Canada. Chairman de la session parallèle de Microbiologie.
  • Robinson J.P, Rajwa B., Rajheb K., Jones J.T., Grégori G., Patsekin V. (2006). Multispectral cytometry : a powerful new technology in cell analysis. ISAC, XXIII international congress, May, 19-24, Québec, Canada
  • Venkatapathi M., Grégori G., Hirleman E. D., Robinson J.P. (2006). Measuring size using forward angle light scatter is not straight forward. ISAC, XXIII international congress, May, 19-24, Québec, Canada. (Poster)
  • Hamdi I., Thyssen M., Lefèvre D., Grégori G., Denis M., Maalej S. (2006) Distribution spatiale du phytoplancton en Atlantique Nord-est (zone d’étude de POMME) au printemps 2001. 8ème conférence internationale des limnologues d’expression française (CILEF) Hammamet (Tunisie 17-21 mars 2006. (poster)
  • Grégori. Microbiologia marina. L’importanza della cellula per la comprensione del funzionamento dell’oceano. Congrès du Groupe Italien de Cytométrie (San Benedetto del Tronto, Italie, Octobre 2005) (orateur invité en session pléniaire; et enseignant invité)
  • Denis M., Thyssen M., Grégori G. (2005) Short-term variability of heterotrophic bacteria of the northwestern Mediterranean in late summer 2004. Evidence for pulsed mineralisation in the water column. 3rd International Conference on Analysis of Microbial Cells at the Single Cell Level May, 26th – 29th, 2005, Semmering, Austria.
  • G. Grégori. Flow cytometry applications in microbial ecology. Congrès de la Socitété Ibérique de Cytométrie (Porto, Portugal, Mai 2005) (orateur invité)
  • Grégori, C. Paul, K. Park, J. P. Robinson. A microencapsulation method based on flow cytometry technology. 22-27 mai 2004, XXII Congrès de l’International Society for Analytical Cytology (ISAC), Montpellier, France (poster).
  • Grégori, L. Rakotomalala, O. Andrisani, J. P. Robinson. Effect of hepatitis B virus X protein on the cell cycle of mouse hepatocytes: evidence by DNA staining and flow cytometry. 22-27 mai 2004, XXII Congrès de l’International Society for Analytical Cytology (ISAC), Montpellier, France (poster).
  • Grégori, M. Denis, J. P. Robinson. On the use of standardized bead suspensions to derive absolute counts in flow cytometry: evidence for a concentration threshold. 22-27 mai 2004, XXII Congrès de l’International Society for Analytical Cytology (ISAC), Montpellier, France (poster).
  • Venkatapathi, B. Rajwa, G. Grégori, E. Hirleman, J. Paul Robinson. Classification of Cytometry Data Using Principal Component Analysis. 22-27 mai 2004, XXII Congrès de l’International Society for Analytical Cytology (ISAC), Montpellier, France (poster).
  • Ahmed, B. Rajwa, M. Venkatapathi, G. Grégori, S. Trivedi, J. Soos, E. Hirleman, J. P. Robinson. An AOTF based multispectral imaging system for microscopy. 22-27 mai 2004, XXII Congrès de l’International Society for Analytical Cytology (ISAC), Montpellier, France (poster).
  • P. Robinson, V. Patsekine, James Jones, B. Rajwa, G. Grégori. Microbial Classification in aerosols using a multispectral detection system. 22-27 mai 2004, XXII Congrès de l’International Society for Analytical Cytology (ISAC), Montpellier, France (poster).
  • P. Robinson, B. Rajwa, G. Grégori, James Jones, V. Patsekine. Collection Hardware for high speed multispectral single particle analysis. 22-27 mai 2004, XXII Congrès de l’International Society for Analytical Cytology (ISAC), Montpellier, France (poster).
  • Grégori, J. P. Robinson, K. Ragheb. A tutorial on WinMDI version 2.8. 27 mai 2003, XXII Congrès de l’International Society for Analytical Cytology (ISAC), Montpellier, France (poster).
  • Denis, G. Grégori, D. Lefèvre. Une nouvelle méthode de mesure de la respiration du phytoplancton par cytométrie en flux. 25-28 Mai, 2003, Colloque d’Ecologie Microbienne, Carry-le-Rouet, France (communication orale).
  • Christaki, F. Van Wambeke, K. Pagou, O. Gotsis Skretas, G. Asimakopoulou, P. Pitta, A. Giannakourou, I. Siokou-Fragou, E.D. Christou, T. Zervoudaki, G. Grégori, V. Likoussis. Planktonic food web structure and dynamics in the Mediterranean –Longitudinal trends. 25-29 octobre 2002, 8th Symposium on Aquatic Microbial Ecology, Messine, Italie (communication orale).
  • Grégori, A. Colosimo, M. Denis, D. Lefèvre. A two year survey of ultraphytoplankton in the bay of Marseilles. 15-21 avril 2002, Ananysis of Single Cell in the Marine Phytoplankton Workshop, Bremerhaven, Allemagne (poster et communication orale).
  • Grégori, M. Denis, D. Lefèvre. Phytoplankton respiration assessed by flow cytometry : application to Dunaliella tertiolecta. 15-21 avril 2002, Ananysis of Single Cell in the Marine Phytoplankton Workshop, Bremerhaven, Allemagne (poster).
  • Grégori, D. Lefèvre, M. Denis. Cellular physiology of ultraplankton by flow cytometry. 14-15 mars 2001,Congrès de l’Ecole Doctorale Sciences de L’Environnement, Marseilles, France (communication orale). Lauréat du prix de l’EDSE pour la meilleure présentation orale étudiante.
  • Grégori, D. Lefèvre, M. Denis. Cellular physiology of ultraplankton by flow cytometry. 6-9 mars 2001, Congrès des 3ème Journées d’Ecologie Fonctionnelle, La Londe-Les-Maures, France (communication orale).
  • Dubreuil, S.O. Roy, D. Lefèvre, G. Grégori, P. Conan, M. Denis. (2000). Ultraplankton in the frontal zone of the Crozet Basin. A flow cytometric investigation of its spatial and short-term distribution variabilities. 9-13 juillet 2000, Symposium Climatic changes and the cycle of carbon, Brest, France (poster).
  • Grégori, D. Lefèvre, M. Denis. A flow cytometric approach to assess oceanic microbial respiration. 20-25 mai 2000, XX Congrès de l’International Society for Analytical Cytology (ISAC), Montpellier, France (communication orale).
  • Grégori, A. Colosimo, M. Denis, D. Lefèvre. A two year survey of ultraphytoplankton in the bay of Marseilles. 20-25 mai 2000, XX Congrès de l’International Society for Analytical Cytology (ISAC), Montpellier, France (poster).
  • Dubreuil, S.O. Roy, D. Lefèvre, G.Grégori, P. Conan, M. Denis. Ultraphytoplankton distribution in the frontal zone of the Crozet Basin : spatial and short-term variabilities. 20-25 mai 2000, XX Congrès de l’International Society for Analytical Cytology (ISAC), Montpellier, France (poster).
  • Lefèvre, S.O. Roy, G. Grégori, P. Conan, M. Denis, C. Goyet. Influence of frontal structures on biological fluxes. 13 – 17 Avril 2000, JGOFS Meeting in Bergen, Norway (poster).

 

 

Séminaires, workshops, école d’été

  • Organisateur et intervenant à l’école thématique CNRS “CYTOMETRIE EN FLUX AVANCEE (CytoExpert2022)” (4-7 octobre 2022, Marseille)
  • Co-organisateur de l’EUROMARINE Workshop : Improving the visibility of ocean data from new technologies : A case study of high frequency flow cytometry. March 22-23, 2018, Marseille.
  • Co-organisateur du Pan-Mediterranean FineMed 2017 workshop & summer school, 26-28 June 2017, Marseille.
  • Soumaya Lahbib, Mathilde Dugenne, Pierre Marrec, Maurice Libes, Gérald Grégori and Melilotus Thyssen, 2017. FLOW CYTOMETRY DATA MANAGEMENT. CytoBuoy Meeting 2017. Woerden (Netherlands). March 27th, 2017
  •  Gérald Grégori et al., “Submesoscale dynamics of the ultraplanktonic community structure in the Mediterranean Sea from in situ observations”. IOCAS, Qingdao (Chine). July 5th 2017
  • Soumaya Lahbib, Gérald Grégori, Melilotus Thyssen, Mathilde Dugenne, Maurice Libes et Pierre Marrec, 2017. Gestion standardisée et interopérabilité des données de la Cytométrie en Flux avec l’infrastructure (EU) SeaDataCloud. Intercomparaison annuelle SOMLIT 2017. Marseille, le 28 Sept. 2017
  • Maurice LIBES & Soumaya LAHBIB. Gestion centralisée et interopérable des jeux de données à l’OSU, 2017. Réunion du comité des observations Pytheas. Marseille, le 09 Oct. 2017
  • 2016 Gothenburg, Suède. Workshop Projet Européen JERICO Next, 27-30 septembre. JERICO Plankton Workshop.
  • 2016 Wimereux, France. Workshop Projet Européen JERICO Next, 31 mai – 2 juin. International Workshop Current advances in the application of (semi-) automated techniques for studying phytoplankton dynamics in coastal and marine waters
  • 2014 Marseille, France. Séminaire au BIP : INTRODUCTION TO FLOW CYTOMETRY: PRINCIPLE AND APPLICATIONS.
  • 2013 Wimereux, France. Atelier Phytoplancton Résomar – DYMAPHY. 4-6 décembre. Séminaire : MIO R tool box Classification  tool for  flow  cytometry data (orateur invite).
  • 2013 Wimereux, France. Atelier Phytoplancton Résomar – DYMAPHY. 4-6 décembre. Séminaire : Classification  tools for  flow  cytometry  phytoplankton monitoring (orateur invite).
  • 2013 Bordeaux, France. Atelier de Formation INSERM 225 – Du 1er au 3 octobre. Séminaire : Hyperspectral cytometry at the single cell level using a 32-channel photodetector (orateur invité)
  • 2013 Toulon, France. 9 septembre. Université de Toulon. Séminaire : Characterization of marine microorganisms by flow cytometry: from the single cell to the Ocean scale.
  • 2013 Paris, France. Colloque de restitution de la 3e prospective nationale de recherche 2013/2017 Surfaces et interfaces continentales pilotée par l’INSU. 21-23 mai2013. Séminaire : Monitorage in situ et à haute fréquence de la dynamique des assemblages phytoplanctoniques (EC2CO-DRIL MISE)
  • 2012 Tokyo, Japon. Université de TUMSAT. Séminaire : Characterization of marine microorganisms by flow cytometry: from the single cell to the Ocean scale.
  • 2012 Wimereux, France. Laboratoire LOG. Séminaire : 2012 : Characterization of marine microorganisms by flow cytometry: from the single cell to the Ocean scale.
  • Grégori G. Flow cytometry applications in marine microbiology : beyond the resolution limits with the InfluxTM. BD User Meeting. BD Influx User Meeting, Heidelberg (Germany), January 26- 27, 2011
  • Grégori G. Cytometric Diversity of Bacterioplankton : From Identification To Physiological Status Assessment. Workshop au Congrès de l’International Society for Adancement of Cytometry May 8-12, 2010, Seattle, Etats-Unis.
  • Grégori G. Cytometric characterization of aquatic micro-organisms. Tutorial au Congrès de l’International Society for Adancement of Cytometry May 8-12, 2010, Seattle, Etats-Unis.
  • Grégori G. Single-cell microbe physiology assessed by flow cytometry. BD Biosciences Environmental Biology Workshop. (Barcelone, 2010) (orateur invité)
  • Grégori. Tutorial au Congrès de l’International Society of Analytical Cytology (Seattle, Etats-Unis, mai 2010) (orateur invité).
  • Organisateur du premier BD Biosciences Workshop on Marine Biology (Marseille, Avril 2009) et orateur invité. Cytometric characterization of aquatic bacteria : from identification to physiological status assessment.
  • Grégori. Séminaire au laboratoire IBDML (Marseille, 2009) (orateur invité).
  • Grégori. Séminaire à l’Université Claude Bernard Lyon 1 (Lyon, 17 novembre 2009) (orateur invité)
  • Grégori. Atelier Haute Fréquence, 22-23 octobre 2009 (Wimereux) (orateur invité)
  • Grégori. Séminaire au CEA Cadarache (18 mai 2009) (orateur invité).
  • Grégori. AFCA meeting (Marseille, 5 novembre 2009) (orateur invité).
  • Grégori Journée plateformes de recherche en Sciences du Vivant (19 février 2009).
  • Grégori. Tutorial au Congrès de l’International Society of Analytical Cytology (Budapest, Hongrie, mai 2008) (orateur invité).
  • Grégori.G. Performing absolute count with a MoFLO : hints and limits. European Flow Cytometry User Group Meeting (Edinbourg, 15-16 mai 2007) (orateur invite).
  • Grégori. Tri cellulaire : principe et applications. Séminaire à l’Institut Pasteur (Paris, Septembre 2006). (orateur invité)
  • Organisation avec Philippe Lebaron d’un minicoloque de la section d’écologie microbienne de la Société Française de Microbiologie (SFM). «Détection et quantification des microorganismes dans l’environnement par cytométrie en flux et en phase solide». Paris – Institut Océanographique – 17 10 Novembre 2005
  • Grégori, M. Denis. Comment la cytométrie en flux permet de mieux comprendre lefonctionnement de l’Océan. Conférence Life Science User Group France (Paris, Novembre 2005) (orateur invité).

 

 

COLLABORATIONS – PROJETS SCIENTIFIQUES

  • 2016 Projet de recherche commun (PRC) « RETROMIC », en réponse à un appel à proposition conjoint CNRS-NSFC en partenariat avec l’Institut Océanographique de l’Académie des Sciences (IOCAS) de Qingdao (Chine).
  • 2015 SeaDataCloud – Further developing the pan-European infrastructure for marine and ocean data management (Horizon 2020 – the Framework Programme for Research and Innovation, 2014-2020).
  • 2013 Projet Xu Guangqi « High frequency in situ flow cytometry for phytoplankton observation in Xiamen (CYTOPHYX) en partenariat avec l’Institut Océanographique de l’Académie des Sciences (IOCAS) de Qingdao (Chine).
  • 2013 Projet LEFE – CYBER « CEL2SAT » (PI : M. Thyssen, MIO).
  • 2013 Campagne Océanographique DEWEX (DEep Water formation EXperiment) du Programme MERMEX (PI : P. Conan, LOMIC, Banyuls).
  • 2013 Campagne Océanographique AMOP (Activités de Recherche Dédiées au Minimum d’Oxygène du Pacifique Est) (PI : Aurélien Paulmier, LEGOS).
  • 2012  Projet « Capacities » du 7ème PCRD destiné à renforcer la coopération avec les pays voisins UE (ERA-WIDE) : Improving National Capacities in Observation and Management of Marine Environment in Tunisia INCOMMET (Porteur : INSTM de Tunis, Tunisie).
  • 2011-2013 Projet EC2CO-PNEC : Monitorage In Situ et à haute fréquence de la dynamique des assemblages phytoplanctoniques, MISE (PI : G. Grégori)
  • 2006 Projet d’Action Intégrée Alliance-Grande Bretagne en collaboration avec le National Oceanography Center (Southampton). Sujet : Standardisation de protocoles pour la mesure, par cytométrie en flux, d’activités physiologiques cellulaires du plancton marin,
  • Projet d’Action Intégrée Alliance-Grande Bretagne en collaboration avec le Plymouth Marine Laboratory (Plymouth). Sujet : Etude in situ de la variabilité à court-terme du phytoplancton en vue de la détection précoce des changements environnementaux,
  • Projet d’Action Intégrée CMCU- Tunisie en collaboration avec l’Université de Sfax. Sujet : Le projet de recherche porte sur l’impact de la salinité sur la diversité bactérienne et phytoplanctonique de la Saline de Sfax (Tunisie).
  • 2005-2008 ANR POTES (Pressure effects On marine prokaryOTES), projet porté par le LMGEM et labellisé “pôle Mer” par le pôle de compétitivité PACA.
  • 2005 – 2009 Au travers d’un appel à projet projet « CNRS/Etats-Unis » de la DREI (2007-2009), j’ai pu poursuivre ma collaboration avec le Purdue University Cytometry Laboratories (West-Lafayette, Indiana). Sujet : Développement d’un cytomètre en flux multispectral. J’ai obtenu Collaboration CNRS/Etats-Unis.

 

MOBILITE A L’ETRANGER

2013, 2016-Actuel Chine (Qingdao, mai, 7 jours) : Poursuite d’une collaboration initiée en 2005 avec l’Institut Océanographique de l’Académie des Sciences (IOCAS) (https://precym.mio.univ-amu.fr/spip.php?article293) grâce au soutien financier par le programme Xu  Guangqi du projet « High frequency in situ flow cytometry for phytoplankton observation in Xiamen (CYTOPHYX). Pour fédérer tous ces intérêts communs ou convergents, le groupe de Marseille envisage à terme la création d’un Laboratoire International Associé. Compte tenu du contexte français actuel peu porteur en termes de voie de collaboration, une étape intermédiaire a été mise en œuvre en 2016 par le dépôt du projet de recherche commun (PRC) « RETROMIC », en réponse à un appel à proposition conjoint CNRS-NSFC. C’est un projet à deux partenaires, IOCAS et MIO. Les compétences et les moyens complémentaires des deux partenaires convergent vers le réseau trophique microbien et la dynamique fonctionnelle à l’échelle individuelle des cellules.

 2016 Sardaigne (Olbia, 10 jours) : Collaboration avec F. Pomati de l’EAWAG (Suisse) pour appliquer la cytométrie en flux automatisée à la caractérisation de micro-organismes bioluminescents.

 2014 – Espagne (Vigo, avril, 3 jours) : Installation de matériel pour la campagne océanographique Espagnole HOTMIX en Mer Méditerranée. Collaboration avec Javier ARISTEGUI de l’Instituto de Oceanografía y Cambio Global, Universidad de Las Palmas de Gran Canaria.

 2014 – Pays-Bas (Woerden, février, 5 jours) : Collaboration avec la Société Cytobuoy (CEO  George Dubelaar) pour le développement du cytomètre CYTOPRO. Premiers tests opérationnels.

 2013 – Canaries (Las Palmas, décembre, 1 semaine) : Collaboration avec Collaboration avec Javier ARISTEGUI de l’Instituto de Oceanografía y Cambio Global, Universidad de Las Palmas de Gran Canaria (Espagne). Training en cytométrie automatisée à haute fréquence, et préparation de la campagne Transméditerranéenne HOTMIX.

2013 – Tunisie (La Goulette, janvier, 5 jours) : « Training Course on High Frequency Observation of Phytoplankton and Zooplankton » dispensé dans le cadre du projet Européen ERA-WIDE INCOMMET piloté par l’INSTM de Tunis.

2013 – Tunisie (La Goulette, janvier, 3 jours) : Formation en cytométrie en flux dispensée dans le cadre du projet Européen ERA-WIDE INCOMMET piloté par l’INSTM de Tunis.

 2012 – Japon (Tokyo, Octobre 2012, 1 semaine) : Visite à la Tokyo University Marine Science and Technology, Dept. Ocean Sciences (TUMSAT) de Tokyo. Supervision de la thèse de Mathias Girault (Directeur de la thèse : Prof. Arakawa). Rédaction d’un article scientifique. Séminaire dispensé à TUMSAT.

Etats-Unis (Juillet 2005, Juillet 2007, Juillet 2008, 1 semaine en 2010, 2 semaines en 2011) :

Au travers d’un appel à projet projet « CNRS/Etats-Unis » de la DREI (2007-2009), j’ai pu poursuivre avec le Purdue University Cytometry Laboratories PUCL situé à West Lafayette (Indiana) le développement d’un cytomètre multispectra initié lors de mon stage post-doctoral (2002-2004). Cet instrument est unique au monde. Le PUCL, en temps que plateforme technologique phare dans le domaine et de renommée mondiale, bénéficie de moyens et d’une infrastructure qui permettent le développement de ce genre de technologie avancée. La collaboration que j’ai établie permet au LMGEM d’y être partie prenante. Il est regrettable que la DREI ait subitement à un mois de ma mission en 2008, et sans se justifier, suspendu ses 72 projets de collaboration CNRS/Etats-Unis et récupéré les crédits. L’INSU a très aimablement offert de subventionner mon séjour en 2008 pour ne pas pénaliser ce travail qui a fait l’objet d’un brevet Américain et de plusieurs publications. SONY a bénéficié d’une license d’exploitation de ce brevet afin de commercialiser le premier cytomètre spectral.

En 2008, j’ai également été sollicité du 14 au 20 Juin pour participer en tant qu’intervenant au « 31st ANNUAL COURSE IN FLOW CYTOMETRY : Research Methods and Applications» au Bowdoin College de Brunswick (Maine). Ce cours annuel est un des plus réputés au monde et regroupe parmi les meilleurs spécialistes du domaine. A ma connaissance je suis le seul expert Européen à avoir été invité à participer à ce cours.

Chine (2010 et 2011)

Invitation par l’Institute of Oceanography, Chinese Academy of Sciences (IOCAS) de Quingdao (Décembre 2011).

Membre d’une délégation officielle de l’Université de la Méditerranée en visite dans huit Universités Shanghaiennes (Shanghai, 2010)

Pays-Bas (2008)

Suite au Congrès de la société savante ISAC à Montpellier (2004), j’ai rencontré le Dr Herman Gons du NIOO-KNAW. Nous avons débuté une collaboration afin de développer une méthodologie pour analyser et trier des cyanobactéries filamenteuses par cytométrie en flux. Le Dr Gons est malheureusement décédé, mais j’ai pu poursuivre la collaboration avec son équipe et son Thésard. Le travail réalisé a fait l’objet d’une publication dans le journal Cytometry part A.

Tunisie (2007)

J’ai porté un programme d’Actions Intégrées CMCU en collaboration avec l’Université de Sfax. Le projet de recherche porte sur l’impact de la salinité sur la diversité bactérienne et phytoplanctonique de la Saline de Sfax (Tunisie). Les objectifs principaux de ce projet sont de comparer différentes méthodes d’étude de la biodiversité bactérienne en milieu hypersalin, la recherche de molècules d’intérrêt biotechnologique, de former des étudiants à l’utilisation de la cytométrie en flux et du protéomique en milieu hypersalin. Le transfert de connaissances est également au cœur de ce projet. Un article est en préparation.

Canada, (Québec, 2006), Hongrie (Budapest, 2008), Etats-Unis (Seattle, 2010)

La Société savante ISAC (International Society for Advancement of Cytometry) m’a sollicité pour organiser un cours de cytométrie en flux en 2006 (Québec) et 2008 (Hongrie) dans le cadre de son Congrès bisannuel, ainsi que des Workshop et tutoriaux relatifs aux applications de la cytométrie en flux en microbiologie marine.

Angleterre (2006)

J’ai contribué à une collaboration avec le National Oceanography Center (Southampton) et avec le Plymouth Marine laboratory (Plymouth) grâce à deux Programmes d’Actions Intégrées (Alliance). Le but était d’initier un réseau d’utilisateurs de cytomètres immergés autonomes afin de partager nos propres expériences et d’améliorer nos connaissances et compétences dans le domaine de l’analyse à haute fréquence des microorganismes. Ce travail a fait l’objet d’un article, et d’une partie du travail de thèse de Mélilotus Thyssen.

 

 

Responsabilité pédagogique

Encadrement de Doctorants :

  • Encadrement avecAndrea Doglioli (MIO) de la thèse de Mlle Roxane Tzortzis (en cours)
  • Encadrement avec Denys POMMERET (Institut de Mathématiques de Marseille) de la thèse de Mlle Mathilde DUGENNE (2014-2017), aujourd’hui Post-Doctorante à l’Oregon State University. Allocation MENRT.
  • Encadrement avec le Professeur Hisayuki ARAKAWA (Kaiyodai University, Japan) de la thèse de M. Mathias GIRAULT (2010-2013), aujourd’hui Post-doctorat à l’Université de Bordeaux. Allocation Japonaise (CFJO)
  • Encadrement avec Claude MANTE (MIO) de la thèse de M. Anthony MALKASSIAN (2009-2012), Post-doctorat au San Francisco Estuary Institute (Etats-Unis) après sa thèse. Allocation Région (partenaire socio-économique : GIPREB)
  • Encadrement avec Claude MANTE (MIO) de la thèse de Mlle Zhao Li (2009-2012), aujourd’hui Chercheur statutaire à l’Institut Océanographique de l’Académie des Sciences (IOCAS) de Qingdao (Chine). Allocation Chinoise et Bourse Eiffel.
  • Encadrement avec Michel DENIS (MIO) de la thèse de M. Lounis Mebarek (2006-2010), aujourd’hui Délégué régional PACA du Pôle EAU. Allocation Région (partenaire socio-économique : HIGH-TECH.Environnement).

Comités et Jury de thèses

  • 2023 Membre du comité de thèse de Margot DEMOL (LOPS)
  • 2023 Membre du comité de thèse de Zéline HUBERT (ULCO)
  • 2022 Membre du comité de thèse de Aina ASTORCH-CARDONA (AMU)
  • 2021 Membre du comité de thèse de Lloyd IZARD (Sorbonne Université)
  • 2020 Jury de thèse de Justine COURBOULES (Université de Montpellier)
  • 2020, 2021 Membre du comité de thèse de Flavien PETIT (Sorbonne Université)
  • 2019 Jury de thèse de Clément COCLET (Université de Toulon)
  • 2018 Membre du comité de thèse de Kelly GRASSI (Université Lille Nord de France)
  • 2018 Membre du comité de thèse de Lisa TANET (AMU)
  • 2018, 2019, 2020 Membre du comité de thèse de Mathilde MAHE (AMU)
  • 2017, 2018 Comité de thèse de Clément COCLET (Université de Toulon)
  • 2016 Comité de thèse et du Jury de thèse de M. LONGIN (soutenance :18/11, à Dijon)
  • 2008 Membre du Jury de thèse de M. THYSSEN (soutenance à Marseille)

 

Encadrement d’étudiants :

  • 2022 Stage d’application de l’Ecole d’Ingénieur Sup’Biotech de Mlle Perrine SALVI (Villejuif)
  • 2022 Stage de License de M. Julien LENNE (Marseille)
  • 2022 Stage de Master II de Mlle Laurina OMS (Marseille)
  • 2022 Stage de Master II de Mlle Mathilde COUTEYEN (La Réunion)
  • 2021 Stage d’application de l’Ecole Centrale de Lyon de Mlle Maiwenn HASCOUET (Montpellier)
  • 2021 Stage de BTS Microbiologie de M. Quentin PACAUT (Marseille)
  • 2021 Stage de BTS Microbiologie de Mlle Emma LATAPIE (Marseille)
  • 2020 Stage d’IUT de M. Baptiste AUBERTIN (Montpellier)
  • 2020 Stage de BTS Microbiologie de Mlle Marie LATAPIE (Marseille)
  • 2020 Stage de Master Professionnel de M. Lloyd IZARD (Marseille)
  • 2019 Stage de L3 de M. Clément FAUCOMPRÉ (Marseille)
  • 2019 Stage de Master II de M. Lloyd IZARD (Marseille)
  • 2019 Stage de Master II de Mlle Roxane TZORTZIS (Marseille)
  • 2018 Stage de Master II de M. Quentin DENUC (Marseille)
  • 2018 Stage de Master II de M. Léon SERRE-FREDJ (Marseille)
  • 2018 Stage de Master Professionnel de Mlle Marjorie Roscian (Marseille)
  • 2018 Stage de Master I de M. Lloyd IZARD (Marseille)
  • 2018 Stage de Master I de M. Pierre GUIARD (Marseille)
  • 2018 Stage de L3 de Mlle Julie JAUBERT (Marseille)
  • 2018 Stage de L3 de M. Vincent BERTRAND (Marseille)
  • 2018 Stage de L3 de M. Paco STIL (Marseille)
  • 2018 Stage de L2 de Mlle Nina PRASIL-DELAVAL (Marseille)
  • 2018 Stage volontaire de Mlle Marie PEDACCINI (Marseille)
  • 2017 Stage de Master II de Mlle Amélie CHERUBIN (Paris)
  • 2017 Stage de Master II de M. Thibaut COSSART
  • 2016 Stage de Master II de M. Mathias BONNAL (Marseille)
  • 2016 Stage de 5ème année d’école d’Ingénieur de M. François CALENDREAU (Marseille)
  • 2016 Stage de L3 de M. Quandtin DENUC (Marseille)
  • 2016 Stage de L3 de M.Mathieu CHOLET (Marseille)
  • 2014 Stage de DEUST 2-ème année de M. Fabien LEBON (Wimereux)
  • 2013 Stage de Master II de Mlle Mathilde DUGENNE (Marseille)
  • 2013 Stage volontaire de 6 mois niveau License 3 de Mlle Pauline FEY (Paris)
  • 2012 Encadrement d’un stage de Master I de Mlle Mathilde DUGENNE (2012)
  • 2009 Stage Master Professionnel de M. Anthony MALKASSIAN) (Marseille)
  • 2009 Co-encadrement du stage Master 2 de Dora Maaoui (Marseille)
  • 2008 Encadrement du stage Master 2 d’Anthony MALKASSIAN (Marseille)
  • 2007 Encadrement du stage en alternance d’un Etudiant de l’IUT Génie Biologique de Créteil d’Aurelien JACOB
  • 2007 Encadrement du stage Master 1 de Pierre-Alexandre RASTORGUEFF (Marseille)
  • 2006 Co-encadrement Stage Master 1 de Céline STIEVENART. Sujet: Validation expérimentale des formulations des modèles de production – respiration : essais préliminaires à travers l’étude de la respiration autotrophe de Dunaliella tertiolecta »
  • 2006 Co-encadrement Stage Master 2 de Souad ANNANE.  Sujet : La distribution des bactéries hétérotrophes dans l’Atlantique nord-est (Campagne POMME)

 

Enseignement

A l’étranger

  • 2013 – Tunisie (La Goulette, novembre, 5 jours) : « Training Course on High Frequency Observation of Phytoplankton and Zooplankton » dispensé dans le cadre du projet Européen ERA-WIDE INCOMMET piloté par l’INSTM de Tunis.
  • 2013 – Tunisie (La Goulette, janvier, 3 jours) : Formation en cytométrie en flux dispensée dans le cadre du projet Européen ERA-WIDE INCOMMET piloté par l’INSTM de Tunis.
  • 2010 Etats-Unis : Cytometric characterization of aquatic micro-organisms. Tutorial au Congrès de l’International Society for Adancement of Cytometry May 8-12, 2010, Seattle, Etats-Unis.
  • 2008 : Etats-Unis : Instructeur au 31st ANNUAL COURSE IN FLOW CYTOMETRY (June 14-20, 2008), Brunswick, Maine, Etats-Unis. (20h)
  • 2008 : Organisateur du « Flow cytometry pre-congress Course » de l’International Society for Advancement of Cytometry ISAC (Budapest, Hongrie) (16h).
  • 2006 : Organisateur du « Flow cytometry pre-congress Course » de l’International Society for Advancement of Cytometry ISAC (Quebec, Canada) (16h).

 

En France

  • 2020 : Intervenant à la “3rd Training School of the EuroXanth COST Action on “Tracking bacteria in planta”, Castanet-Tolosan, France, 9-13 mars 2020.
  • 2012 à aujourd’hui: Mastère II de l’Université de la Méditerranée ; Discipline : Microbiologie (CM, 4h)
  • 2007 à 2015 : Mastère Professionnel PACS de l’Université de la Méditerranée ; Discipline : Techniques d’Analyses (CM, 11h,)

Actions de formation

  • A l’origine depuis 2006 d’une action de formation Nationale annuelle à la Cytométrie en flux dans le cadre de la « Formation Permanente INSERM-CNRS » (4 jours par an).
  • Accueil et formation de deux chercheur et doctorant Turcs aux techniques de cytométrie en flux dans le cadre du programme d’échange ENVIMED MENAPHY (1 semaine en 2013).
  • Accueil et formation d’une ingénieure de l’Université de KAUST (Arabie Saoudite) aux techniques de cytométrie en flux pour la microbiologie et la biogéochimie marine (1 semaine, 2010).
  • Accueil et formation d’une Doctorante Chinoise aux techniques de cytométrie en flux (3 mois en 2008).
  • Accueil et formation de deux doctorants et de d’un chercheur grecs aux techniques de cytométrie en flux dans le cadre du programme d’échange EUROCEAN (1 semaine en 2007).

Diffusion de la culture scientifique et rayonnement du MIO

  • Depuis 2007: Participation aux Journées « Rencontre Professeurs du Secondaire / Chercheurs » organisées par le Rectorat de l’Académie d’Aix-Marseille.
  • 2017 et 2018 Intervention au Lycée Marie Cury (Marseille) : Participation au « Goûter Scientifique » (présentation orale).
  • 2015 Intervention au Lycée Paul Langevin de Martigues (13)
  • 2015 Intervention au Lycée Benoit à l’Isle sur la Sorgue (13)
  • 2014 : Participation au documentaire télévisé “L’étang change” diffusé sur France 3 le 30 mai (https://precym.mio.univ-amu.fr/spip.php?article236)
  • 2014 : Conseiller scientifique pour le film de vulgarisation générale réalisé par la cellule CANAL IRD dans le cadre d’une formation conjointe MIO-INSTM (Tunisie) du programme ERA-WIDE INCOMMET: “à la lumière du cytomètre, phytoplanctons sous influences” (https://precym.mio.univ-amu.fr/spip.php?article237)
  • 2012 à 2014 : Intervention dans une classe de maternelle Grande section à l’Ecole Saint-tronc la Rose (Marseille, 13). En 2014, en lien avec le parcours d’exposition « Sous la mer, un monde » du Musée « La Villa Méditerranée » de Marseille.
  • 2011 : Concours National « Faites de Science 2011 » : Projet avec le Lycée de la Méditerranée de la Ciotat qui a remporté le 1er prix de l’Académie.
  • 2010 : Projet pédagogique « Les Sciences autrement » avec le Lycée Méditerranée de La Ciotat (http://precym.com.univ-mrs.fr/spip.php?article164
  • 2009 et 2010 : Intervention dans une classe de maternelle Grande section à l’Ecole Saint-tronc la Rose (Marseille, 13010)
  • 2009 : Intervention dans une classe de CE2 à l’Ecole La Sauvagère (Marseille, 13010)
  • 2008 et 2009 : Intervention au Collège Jacques Prévert (Marseille)
  • 2006 et 2008 : Participation aux Journées Portes Ouvertes du Centre d’Océanologie de Marseille.
  • 2006 : Participation au 3ème Forum International de la Météo (Ajaccio, Corse).

 

TRANSFERT TECHNOLOGIQUE, RELATIONS INDUSTRIELLES ET VALORISATION

  • Collaboration avec la Société CYTOBUOY pour le développement conjoint du concept de cytomètre automatisé CYTOPRO destiné aux micro-organismes hétérotrophes.
  • Collaboration avec le VEDIF (VEOLIA Ile de France) pour un projet R&D de monitorage des microorganismes aquatiques dans le réseau d’eau potable.
  • Collaboration avec la Société Beckman Coulter
  • Collaboration avec les sociétés GELYMA et AEV Biotech (Projet APRF PACA, projet « MODALG)
  • Collaboration avec le bureau d’étude HIGH-TECH.Environnement

 

ENCADREMENT, ANIMATION ET MANAGEMENT DE LA RECHERCHE

  • Co-responsable de l’équipe 4 CYBELE du MIO avec France van Wambeke depuis le1er janvier 2018.
  • Depuis 2020, Responsable SOMLIT pour la station SOLEMIO de Marseille
  • Depuis 2020 Responsable du Comité d’experts scientifiques (CES) Cytométrie en flux du Pole de données ODATIS.                 

Une des actions importantes de mon activité scientifique depuis 2005 est la responsabilité scientifique de la Plateforme Régionale de Cytométrie pour la Microbiologie PRECYM. PRECYM (http://precym.com.univ-mrs.fr), hébergée jadis par le COM l’est aujourd’hui par le MIO. Elle est labellisée par le Pôle Mer-PACA. C’est également la seule plateforme de cytométrie à avoir réussi à se faire labelliser par le GIS IBISA (2015). PRECYM centralise un savoir-faire et des équipements à la pointe de la technologie en matière de cytométrie en flux qu’elle met à la disposition d’autres unités/instituts de recherche, aussi bien du domaine public que privé. PRECYM leur offre ainsi la possibilité d’utiliser de nouvelles approches tout en garantissant une exploitation technique, économique et scientifique optimale des instruments. Ainsi ils n’ont pas à fournir eux-mêmes l’effort d’investissement en équipement et en savoir-faire.

En tant que responsable scientifique de PRECYM, je suis le supérieur hiérarchique direct de l’Ingénieure d’étude de la plate-forme (A. Barani). Pendant une année, j’ai également pu superviser Mlle E. Pasero (2016), IE en contrat à durée déterminée dont le financement provenait de la labellisation de PRECYM par le GIS IBISA (plateformes des sceinces du vivant). PRECYM est la première plateforme de cytométrie à avoir réussi à être labellisée par le GIS IBISA. En 2018-2019 j’ai également pu superviser Mlle M. Didry, technicienne en contrat à durée déterminée dont le financement provient de la Fondation A*MIDEX, en soutien à un nombre très restreint de plateformes labellisées « Plateformes technologique » par l’Université d’Aix-Marseille.

Fort de l’expérience acquise dans cette technologie, depuis 2014, sous l’impulsion de l’université d’Aix-Marseille, j’ai œuvré pour la mise en place d’un consortium transdisciplinaire des plates-formes de cytométrie en flux de l’Université incluant : le Centre d’Immunologie Marseille Luminy (CIML), le Centre d’Immunophénomique (CIPHE), le Centre de Recherche en Cancérologie de Marseille (CRCM), et Vascular Science Research Marseille (VRCM) et la plate-forme PRECYM. Ce consortium constitue un carrefour qui assure la lisibilité des différentes plateformes auprès de l’Université, des utilisateurs, et une veille technologique des plus efficaces pour suivre l’évolution rapide des technologies et des protocoles de marquage fluorescents et d’analyse des cellules. Une des actions phares du consortium est la création du Passeport de Cytométrie Marseille qui regroupe 3 actions dans le cadre de la Formation Permanente INSERM en cytométrie flux et analyses de données associées. Ces formations sont ouvertes au niveau national et concernent les chercheurs (permanents ou non), techniciens, et doctorants.

Sur le plan plus scientifique, je suis co-responsable avec A. Doglioli (équipe physique du MIO) de l’axe transverse COUPLAGE P2B2M (Couplage Physique-Biogéochimie-Biologie-Mesures-Modèles) du MIO. Pour rappel, l’AT_COUPLAGE s’était donné comme objectif de regrouper les expérimentateurs et les modélisateurs du MIO dont les préoccupations scientifiques sont centrées sur le couplage entre les processus physiques, biogéochimiques et biologiques afin de développer des stratégies et des méthodologies d’échantillonnage in situ spécifiques pour optimiser la caractérisation de la dynamique sous-mésoéchelle et son rôle sur la distribution des espèces planctoniques et des grandeurs géochimiques associées. Outre les membres du MIO, l’AT COUPLAGE a également comme partenaires des membres des laboratoires LOCEAN (Paris), LA (Toulouse), LOG (Wimereux) et PML (Angleterre).

Financements acquis:

  • Bénéficiaire de fonds FEDER – Région PACA dans le cadre du projet OCEANOMED pour la plate-forme PRECYM (210 k€)
  • Collaboration avec une société de gestion d’eau potable (confidentiel) (50 k€)
  • Bénéficiaire d’une allocation APRF Région en collaboration avec les Sociétés GELYMA et AEV Biotech (80 k€).
  • Bénéficiaire d’un fonds de soutien A*MIDEX d’AMU (37 k€) pour CDD à la plateforme PRECYM.
  • Bénéficiaire de 2 fonds de soutien par le GIS IBISA (60 k€ en 2016 en et 30 k€ en 2018).
  • Projet PNEC-EC2CO Monitoring in situ de l’environnement : Monitorage in situ et à haute fréquence de la dynamique du phytoplancton – Nouvelle approche développée sur le site atelier de l’Etang marin de Berre (MISE) et la station d’observation SOFCOM (réseau SOMLIT) (20 k€ en 2011 et 2012).
  • Financement DRI CNRS-Etats-Unis (7 k€) en 2007 & 2008 pour la poursuite de travaux sur la cytométrie spectrale avec le professeur Robinson de l’Université de Purdue.
  • Obtention d’une allocation de recherche Régionale pour la thèse de M. Malkassian, codirigée par Claude Manté (IR CNRS), avec le GIPREB comme partenaire Régional.
  • Obtention d’une allocation de recherche MENRT inter-école Doctorale pour la thèse de Mlle Mathilde Dugenne (2014-2016) codirigée par le Professeur D. Pommeret de l’Institut de Mathématiques de Marseille.
  • Obtention d’une allocation de recherche Régionale pour la thèse de M. Mebarek codirigée par le Dr. Michel Denis, avec la Société High-Tech.Environnement comme partenaire Régional.
  • Contribution au projet de construction du complexe OCENOMED sur le campus de Luminy destiné à héberger le MIO (2012).

Autres activités d’expertise:

  • Referee de revues internationales : Journal of Plankton research, Cytometry part A, Nature Protocols, Applied and Environmental Microbiology, Aquatic Microbial Ecology., Biogeosciences…
  • 2018 Evaluation d’une plateforme technologique de l’institut Cochin (Paris)
  • 2018 Evaluation d’une plateforme technologique de La Sorbonne (Paris)
  • 2018 Evaluation d’un projet scientifique pour le Conseil Général d’Aquitaine
  • 2016 Rapporteur pour un projet scientifique à évaluer pour le German Federal Ministry of Education and Research (BMBF).
  • 2014 Rapporteur pour 8 projets scientifiques à évaluer pour la Marine Science and Technology Foundation (Etats-Unis).
  • Evaluations de projets de recherche pour la Commission Nationale de la Flotte Côtière (CNFC)

Implication dans la vie du laboratoire :

  • Depuis le 1er janvier 2023 Directeur adjoint du MIO
  • Depuis 2020 Responsable SNO SOMLIT pour la station de Marseille
  • Depuis 2023 Responsable Coast HF pour la station de Marseille
  • Responsable de la Commission Locaux que j’ai initiée au sein du MIO (depuis janvier 2018)
  • Membre élu Collège B au Conseil du Laboratoire du MIO de 2012 à 2018.
  • Webmaster du site internet de la plateforme PRECYM
  • Sauveteur Secouriste du Travail.
  • Référent laser
 
 

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