De l’ analyse individuelle du plancton aux bases de données internationales

 

Lieu : Institut Méditerranéen d’Océanologie MIO  – Station Marine d’Endoume, Marseille

Date de début :      4 octobre      Date de fin :   7 octobre

Durée :  4 (jours)

 

 NOMBRE DE PARTICIPANTS : 20 Maximum (chercheurs, enseignants-chercheurs, ITAs, post-doctorants,  doctorants du CNRS, universitaires, académiques). L’inscription à l’école thématique est gratuite. Les personnels CNRS bénéficieront d’une prise en charge de leurs frais de mission (déplacement et logement) par l’intermédiaire de leur Service formation (délégations régionales).

Les personnels non-CNRS auront à leur charge leurs frais de transport uniquement (les frais de logement et de séjour seront couverts par l’école thématique).

 

PRESENTATION

Cette formation est née du constat que la cytométrie en flux est une technologie qui se démocratise dans les laboratoires des sciences du vivant et des sciences de l’environnement. Dans le domaine océanographique, elle permet de déterminer les abondances des assemblages microbiens (virioplancton, bactérioplancton, phytoplancton, ), devenues des « core parameters » dans les campagnes océanographiques au même titre que les mesures de température, salinité, concentrations en nutriments, etc.  Les données acquises sont généralement saisies dans des bases de données nationales qui répondent aux critères F.A.I.R (Findable, Accessible, Interoperable, Reusable). Cela nécessite de standardiser les données et les méta-données. Paradoxalement ce travail préliminaire fondamental est à peine en cours du fait de la prolifération des cytomètres et de la bancarisation récente des données de cytométrie dans les bases de données. L’objectif de notre école thématique est justement de former les utilisateurs qui effectuent eux-mêmes (ou envisagent de le faire) des mesures par cytométrie, ou interagissent avec les opérateurs de plateforme de cytométrie, aux bonnes pratiques, au vocabulaire standardisé, et au workflow des données depuis l’acquisition sur l’instrument jusqu’à la bancarisation dans les bases de données nationales (via le pôle ODATIS). C’est par conséquent un projet interdisciplinaire, intéressant les biologistes, biogéochimiste, océanographes, informaticiens, destiné à favoriser la rencontre de ces différentes communautés scientifiques. Cet atelier est le fruit d’une réflexion du Comité d’experts scientifiques « Cytométrie en flux » du pôle de données ODATIS dont font partie les organisateurs et les intervenants de cette école thématique.

Le programme sera réalisé par des experts nationaux en cytométrie en flux aussi bien conventionnelle (opérée en laboratoire, avec un personnel dédié) qu’automatisée (réalisée à bord de plateformes déployées in situ, de type navire ou mouillage, sans intervention humaine). La formation se déroulera à Marseille dans les locaux de la Station marine d’Endoume de l’Institut OSU Pytheas qui offre à la fois l’infrastructure (grande salle pour la théorie, laboratoires pour les atelier pratiques) et la mise à disposition d’une arrivée en continu d’eau de mer (laboratoire SSLAMM du MIO) pour les expérimentations et les démonstrations des cytomètres automatisés.

 

OBJECTIFS

L’objectif de cette école thématique est d’impulser une action communautaire pour maitriser et diffuser les bonnes pratiques en cytométrie en flux indispensables pour réaliser des analyses de qualité des assemblages microbiens planctoniques et garantir des données robustes, bancarisables, qui pourront être partagées et diffusées à l’échelle nationale et internationale. Afin que ces données jouent leur rôle de levier pour la science et l’innovation, il est indispensable qu’elles soient fiables, facilement accessibles et réutilisables selon les principes FAIR. Il est également indispensable que ces données soient qualifiées et pour cela répondent aux protocoles d’analyse standardisés reconnus par la communauté. L’école thématique aura pour objectifs de présenter à ses participants :

• Le vocabulaire de cytométrie (variables mesurées, groupes décrits, caractéristiques des instruments, des mesures effectuées…) tel que défini par les experts du domaine,
• Les bonnes pratiques indispensables à la production de données de qualité,
• La chaîne de traitement des données de cytométrie, depuis le cytomètre jusqu’à la bancarisation des données.

L’école enseignera au moyen de cours théoriques et d’ateliers pratiques sur différents modèles de cytomètres les protocoles issus de la veille technologique réalisée par ses intervenants, grâce à des échanges d’informations avec la communauté. Elle présentera aussi les verrous ainsi que les outils susceptibles d’améliorer la procédure de génération, de traitement et de visualisation de ces données, ainsi que leur archivage sur des bases de données interopérables.

L’école thématique sera suivie dans son intégralité par tous les participants et fera l’objet d’une évaluation. La gamme des utilisations de la cytométrie en flux est très large et concerne de nombreux domaines (environnement, santé, biotechnologie, etc…).

 

PUBLIC CONCERNE

Chercheurs et enseignants chercheurs, personnels techniques, statutaires ou non, doctorants et post-doctorants, des domaines de l’écologie microbienne aquatique et marine en particulier, de la biogéochimie et de l’océanographie en général.

L’audience visée relève de disciplines variées depuis la biogéochimie, l’écologie microbienne, la biodiversité, mais aussi la microbiologie et la biotechnologie, jusqu’aux traitements mathématiques et les bases de données en relation avec le domaine de l’écosystème océan. Cette formation se veut donc pluridisciplinaire et propice à l’émergence d’un réseau national d’experts issus de laboratoires variés du domaine de la cytométrie en flux appliquée aux assemblages microbiens planctoniques et à la microbiologie en général. L’école en format résidentiel permettra de structurer une communauté scientifique autour de cet outil qu’est la cytométrie en flux, de partager son savoir-faire, son expérience et d’améliorer la compréhension mutuelle des différentes disciplines présentes.

 

PREREQUIS

Des connaissances en biologie sont nécessaires.

Des notions en cytométrie conventionnelle sont préférables mais pas indispensables.

 

GRANDS AXES DU PROGRAMME

Jour 1

Présentation de la cytométrie en flux :

* Principes généraux de la cytométrie en flux,

* Applications dans le domaine marin,

* Le tri cellulaire par cytométrie en flux.

Jour 2

Présentation de la cytométrie en flux automatisée, du principe de fluorescence, de l’analyse des données et de la standardisation des signaux.

Jour 3

Analyse par cytométrie en flux conventionnelle et/ou automatisée du phytoplancton, du bactérioplancton et des virus.

Jour 4

Workflow des données de cytométrie : du cytomètre aux bases de données

 

MODALITÉS PÉDAGOGIQUES

Les modalités pédagogiques sont des alternances de cours théoriques et de pratique sur des instruments. Il y aura également de la manipulation de logiciel et du traitement de données sous forme d’ateliers pratiques en binômes. Chaque journée sera sanctionnée par une petite table ronde pour faire un bilan de la journée, répondre aux questions et présenter le planning de la journée suivante. Les pauses café et déjeuner permettront d’enrichir la formation d’échanges informels entre les participants et avec les instructeurs, ces échanges étant propices au réseautage.

 

Comité scientifique :

GREGORI Gérald	CRCN	UMR 7294 MIO
THYSSEN Melilotus	CRCN	UMR 7294 MIO
LIBES Maurice	IR	UMR 7294 MIO
PECQUEUR David	IE	FR 3724 – Laboratoire Arago – SU/CNRS
ARTIGAS Felipe	MCF	UMR 8187 LOG

Inscriptions :

Nombre de places limité : 20

Date limite d’inscription : 10/09/2022

Contact : precym@mio.osupytheas.fr