Présentation au SIST 2016 29 et 30 septembre à Montpellier
L’édition 2016 du séminaire SIST (Séries Interopérables et Systèmes de Traitement) a eu lieu les 29 et 30 septembre à Montpellier. Elle a fait suite au premier séminaire SIST organisé en septembre 2015 à l’OSU Pytheas à Marseille.
Ce séminaire rentre dans le cadre des actions du réseau technologique des informaticiens et gestionnaires de données des observatoires (OSU et unités de recherche ayant des missions d’observation) qui se met en place grâce au soutien de l’Institut National des Sciences de l’Univers (INSU) du CNRS.
L’édition 2016 a poursuivi la thématique des standards d’interopérabilité et de leur mise en oeuvre, et s’est proposé d’investiguer d’autres sujets tels que les DOI, la qualité des données ou les plateformes de gestion des données scientifiques.
Lors de cette édition, Soumaya Lahbib (IE au MIO) a préparé l’exposé suivant Gestion des données de Cytométrie en Flux Flow Cytometry Data Management (présenté par M. Libes) :
Gestion des données de cytométrie en flux
Auteurs : Soumaya Lahbib, Mathilde Dugenne, Maurice Libes, Melilotus Thyssen, Cherif Sammari, Gérald Grégori et Pierre Marrec
L’accessibilité aux données marines est l’une des étapes les plus importantes pour la réussite des projets de recherche scientifiques appliqués à l’océanographie. Les données acquises par diverses activités et techniques d’observations représentent, entre autres, des problèmes d’hétérogénéités spatiales et de résolution temporelle, ce qui rend leur partage et leur échange difficiles.
Dans le cadre du projet CHROME, une Ferrybox et un CytoSense, deux équipements d’acquisition automatique à haute résolution ont été installés à bord d’un bateau d’opportunité (C/F CARTHAGE). Le premier jeu de données est composé par les données physico-chimiques issues de la FerryBox et des capteurs associés. Le deuxième jeu de données est composé par des données de microbiologie marine issues de la technique de cytométrie en flux qui permet de mesurer la distribution des phytoplanctons.
Depuis longtemps, les données classiques de l’océanographie physique bénéficient des protocoles et méthodes de gestion selon les standards et normes internationales. A titre d’exemple, le projet européen SeaDataNet qui est une infrastructure pan-européenne pour la gestion des données marines physique, chimiques et biologiques à l’aide a mis en place des outils et des méthodes de gestion, d’indexation et d’accès aux données et métadonnées marines en conformité avec la directive INSPIRE (normes ISO19139).
Bien que les données biologiques bénéficient de ces normes et standards internationaux, les données issues de la cytométrie en flux ne peuvent pas être gérées selon ces protocoles en raison du manque de vocabulaires standardisés notamment sur les paramètres de mesures et les instruments.
Ce travail a permis de mettre en place une méthodologie de gestion des données issues de la Cytométrie en Flux depuis l’acquisition des mesures jusqu’au stockage et visualisation des données via l’interface CHROME-CYTOBASE (https://chrome.mio.univ-amu.fr/chrome-cytobase/).
Cette interface est liée à une base de données MySQL qui assure le lien entre les paramètres biologiques (CytoSense) et physiques (FerryBox) de la mer. Elle permet l’affichage des résultats grâce aux librairies de Google developper, Dygraph et Leaflet. C’est un outil opérationnel et d’aide à la décision pour les scientifiques en cytométrie en flux.
En vue de rendre ce jeu de données interopérable et standardisé avec d’autres infrastructures internationales, l’Institut Mediterranéen d’Océanologie est impliqué dans le prochain SeaDataNet pour travailler sur l’interopérabilité des données de la cytométrie en flux avec les bases de données internationales. Ainsi que la mise en place des procédures et méthodes de génération des métadonnées et données conformes à la directive INSPIRE.